Для того чтобы стать наукой, эмпириологическому знанию нужна философия природы, которая характеризуется «дианоэтической интеллекцией», определяющей сущность объекта путём выявления универсального в единичном. Вторая ступень познания – математическая. Её объект – количество как таковое – отделён от чувственной материи. Третья, высшая ступень – метафизическая. На этом уровне ум постигает бытие как таковое не только через «дианоэтическую интеллекцию», но и благодаря «ананоэтической интеллекции», дающей возможность постигать трансцендентное божественное бытие. Жак Маритен настаивает на несводимости различных типов знания к одному в силу их «ноэтической разнородности». Эпистемология, согласно Жаку Маритену, являясь частью метафизики, служит для неё рефлексией её принципов. Он стремился показать, что томистская метафизика – это метафизика существования, поэтому она может быть названа экзистенциалистской. Однако её принципы радикально отличаются от принципов современного экзистенциализма. Особенностью подлинного томизма является признание «примата существования, но как предполагающего и сохраняющего сущности и природы, как знаменующего собой высшую победу интеллекта и интеллигибельности». Целью метафизики является познание бытия как такового, невозможное без метафизической интуиции, т.е. способности интеллекта «видеть» бытие в вещах. Бытие схватывается умом уже на уровне простого восприятия материальных вещей – первой операции духа, целью которой является объективирование полученных чувствами данных, т.е. схватывание интеллектом интеллигибельных сущностей вещей. Сущности «возвращаются» существованию актом суждения – второй операцией духа, которая утверждает существование. При всей дальнейшей концептуализации метафизической интуиции бытия, выявляя бытие «в его собственной ценности», интеллект выявляет и акт существования. «Бытие не просто то, что есть суть вещи, но также и сам акт их существования». Важным понятием в метафизике Жака Маритена исследователи называют понятие субъекта (suppositum): «В мире существования есть лишь субъекты…, и то, что приходит от них в бытие». Субъект обладает сущностью, субъект осуществляет акт существования, бытийствует. Объективируя субъекты, человек познаёт их, но никогда не сможет их познать до конца, поскольку в силу своего индивидуального существования они «представляют для нас неисчерпаемый источник знания». Только сам человек дан себе не как объект, а как субъект, и Бог знает человека в его субъективности. Вершиной метафизики является познание Бога как причины бытия: «Метафизика… есть естественная теология». Жак Маритен воспроизводит пять путей доказательства бытия Бога, предложенных Фомой Аквинским, прибавляя к ним шестой, который исходит из нашего опыта быть мыслящими существами.