В 1892–1898 гг. в журнале «Богословский вестник» были опубликованы переводы М.Д. Муретова толкования Кирилла Александрийского на пророков Аггея и Малахию и отредактированные им толкования на остальных малых пророков, созданные его коллегами. В 1899–1912 гг. М.Д. Муретовым был осуществлён проект по переводу сохранившихся толкований Кирилла Александрийского на Евангелие от Иоанна. Кроме того, в 1892–1894 гг. М.Д. Муретов перевёл «Слова и беседы» Астерия Амасийского; в 1895–1896 гг. – толкования Ефрема Сирина на Послания апостола Павла и на апокрифическую переписку апостола Павла с Коринфянами; в 1913 г. – Житие Охридского архиепископа Климента, составленное Феофилактом Болгарским; в 1913–1915 гг. – Житие и некоторые творения Максима Исповедника. В 1908 г. редактировал «Слово на воскрешение Лазаря» Евстафия Антиохийского. При переводе М.Д. Муретов использовал не только печатные издания, но и греческие рукописи Московской Патриаршей библиотеки и других хранилищ, а при необходимости и сирийские тексты. Комментарии к переводам включали подробные истолкования наиболее трудных мест Священного Писания. М.Д. Муретов оказался вовлечённым в дискуссию об имяславии в 1909–1914 гг. С одной стороны, на исследования М.Д. Муретова по философии Филона Александрийского ссылался один из главных оппонентов имяславцев, С.В. Троицкий. С другой стороны, сам М.Д. Муретов защищал учение имяславцев. В ответ на просьбу ректора Московской духовной академии еп. Феодора (Поздеевского) он составил отзыв об афонских спорах и о книгах схимонаха Илариона и иеросхимонаха Антония (Булатовича). Этот отзыв был помещён анонимно, как от «одного из наиболее уважаемых и заслуженных богословов», в предисловии к «Апологии» иеросхимонаха Антония (Булатовича), изданной в серии «Религиозно-философская библиотека». Издателем и редактором серии был Михаил Александрович Новосёлов, редактированием рукописи и составлением предисловия занимался священник Павел Александрович Флоренский. М.Д. Муретов почувствовал в опыте имяславцев дух «истого монашества, древнего, подвижнического», а их учение считал вполне подтверждённым новозаветными и святоотеческими текстами. В коллизии же, связанной с имяславием, видел противостояние «идеализма… (реализма и мистицизма), с одной стороны, – и номинализма… (рационализма и материализма), – с другой». По мнению М.Д. Муретова, истинное христианство и церковь «всегда стояли на почве идеализма в решении всех возникавших вопросов – вероучения и жизни». М.Д. Муретов пытался выстроить догматическое рассуждение, которое вызвало неоднозначную реакцию: слово всякого языка и во всяком виде, произносимое устно, есть отражение идеи и имеет с ней реальную связь, идея тоже реальность, имеющая и ипостасное бытие. Следовательно, имя Иисусово имеет реальную связь с идеей и ипостасью Богочеловека и всякий субъект (лицо, ипостась), именующий Спасителя устно или мысленно, вступает в реально-ипостасное отношение с идеей и ипостасью Богочеловека. Вопрос, поднятый имяславцами, М.Д. Муретов считал «весьма своевременным для всеобщего обсуждения», как признак «начинающегося возрождения идеализма-реализма-мистицизма» в эпоху подъёма волны материалистическо-рационалистических заблуждений, и надеялся на его рассмотрение на предстоящем Всероссийском Соборе.