М.Д. Муретов скончался вскоре после Февральской революции, 14 марта был погребён на академическом кладбище в Троице-Сергиевой лавре – ввиду специфики исторического момента «без особой торжественности, без венков и речей». Памятью о трудах М.Д. Муретова стали слова архимандрита Илариона (Троицкого; впоследствии архиепископ): «Вся профессорская жизнь Митрофана Дмитриевича была одним непрерывным учёным подвигом, приносившим обильные и полновесные плоды». Первым значительным исследованием М.Д. Муретова стал сравнительный анализ учения о Логосе Филона Александрийского и учения апостола Иоанна Богослова, начатый им в кандидатском сочинении и законченный в магистерской диссертации, получившей положительные отзывы рецензентов. С точки зрения М.Д. Муретова, учение Филона Александрийского формировалось на фоне двух различных течений в религиозной мысли: пантеизма стоиков, понимавших Логос как всеобщее божественное начало и разумный закон мировой жизни, и деизма палестинского иудаизма периода Второго храма, выработавшего представление о Боге как о «самозаключённой, недоступной и даже противоположной миру сущности, не имеющей и не могущей иметь к твари никакого непосредственного отношения». По мнению М.Д. Муретова, Филон Александрийский, убедившись, что ни одна из двух указанных тенденций не объясняет, каким образом абсолютно трансцендентный Бог может быть причастен миру, попытался решить вопрос на основе греко-философского представления о Божестве как об абстрактно-всеобщем начале бытия, поэтому прибег «к искусственному, чисто грамматическому и внешне-механическому соединению этих предикатов посредством фразы, имеющей внешне теистическую форму, но по своему содержанию и подлинному смыслу всегда распадающейся на свои несоединимые элементы раввинско-деистического и стоически-пантеистического Логоса». Учение же о Логосе апостола Иоанна Богослова, описываемое М.Д. Муретовым как «религиозный теизм», напротив, исходит из живого религиозного опыта воплотившегося Бога и «предполагает внемирный и безусловный объект божественного разума и любви, т.е. Бога – второе Лицо Божества», или Логос. Соответственным образом трансцендентно-личная жизнь Бога независима от ограниченного, условного, тварного мира, в то же время в «богочеловеческой Личности исторически-воплотившегося Логоса… искупленное от греха человечество… стоит в вечном имманентно-личном единении с Божеством». Важным направлением исследований М.Д. Муретова было систематическое изучение традиции западной экзегезы в свете апологетических задач. Ещё в начале своей самостоятельной деятельности М.Д. Муретов задумал фундаментальное исследование «Главные типы новейшего отрицания Евангелия», однако публикация была приостановлена цензурой, т.к. М.Д. Муретов начинал рассмотрение каждого типа протестантской экзегезы с изложения идей наиболее значимых её представителей, что было сочтено неполезным для неподготовленного читателя. В 1884 г. был опубликован лишь фрагмент с критическим разбором герменевтической теории Иоганна Готфрида Эйхгорна, получившей со стороны М.Д. Муретова невысокую оценку как результат «априорных предрассудков и школьных суеверий».