Обращение М.Д. Муретова к ветхозаветной тематике в докторской диссертации определялось задачами новозаветной экзегезы: автор пытался подтвердить подлинность «Послания к Евреям», опротестовав один из аргументов критиков, указывавших на несоответствие описания Ковчега Завета и ветхозаветного храма в Евр. 9 существующим представлениям. Тем самым при решении двух задач, критико-экзегетической и апологетической, М.Д. Муретов постарался провести собственную реконструкцию устройства ветхозаветного храма, опираясь на описания всех трёх храмов (Соломона, Зоровавеля и Ирода), восполняя пробелы одного по другим. В случае затруднений М.Д. Муретов использовал топографические данные, полученные в ходе паломничества в Иерусалим. Рецензент А.А. Жданов, критикуя исследование, считал искусственным и ложным основной метод реконструкции, обвиняя М.Д. Муретова в неверных интерпретациях свидетельств древних авторов, в частности, Филона Александрийского и Иосифа Флавия, а также в излишнем доверии к трудам предшествующих русских исследователей-археологов, в частности, профессора Киевской духовной академии Акима Алексеевича Олесницкого, и в недостаточном использовании «текстуально-критических и экзегетических трудов» западных авторов. В вину М.Д. Муретову вменялись неоправданные попытки «поставить храм в связь с историей еврейской теософии» и выявить «генетическую зависимость позднейших иудейско-раввинских идей» от наружного вида храма. Главный результат докторского исследования (новую реставрацию храма) А.А. Жданов считал ниже «общепринятой и затемняющей свидетельства Библии». Однако рецензент-эксперт С.А. Терновский, соглашаясь с тем, что реконструкцию М.Д. Муретова нельзя признать исчерпывающей и бесспорной, считал полезным проведённое автором «кропотливое сличение и примирение» разноязычных текстов Священного Писания. Изучение славянского текста Библии и стремление к составлению наилучшего перевода Священного Писания на славянский язык М.Д. Муретов считал «не только общенаучным, но и патриотическим долгом всех славянских богословов». Хотя он признавал необходимость перевода Библии на любой язык, в том числе и на русский, но считал крайне важным сохранить чтения Слова Божия во время богослужения на славянском языке, который «чужд обыденной жизни и возвышается над разговорною речью», что необходимо для сакрального текста. М.Д. Муретов настаивал на том, что Русской церкви «всегда была чужда мысль канонизировать какой-либо один славяно-русский текст Библии», поэтому современными богословами всегда должна вестись живая работа по правке библейского славянского текста, причём не только по устранению неточностей перевода, но и по замене устаревших и непонятных слов и оборотов «более понятными и соответственными для данного времени». В 1915 г. М.Д. Муретов был включён в состав Комиссии по научному изданию славянской Библии, созданной 28 января 1915 г. при Санкт-Петербургской духовной академии под председательством ректора епископа Анастасия (Александрова). М.Д. Муретову была поручена подготовка к изданию славянского текста книг пророков Аггея и Малахии. М.Д. Муретов активно занимался переводами святоотеческих творений с древнегреческого языка, а также редактурой переводов, печатавшихся в академическом журнале.