15 декабря 1903 г., после 25 лет академической службы, получил звание заслуженного ординарного профессора. В конце 1905 г., когда Синод, вынужденно введя для духовных академий временные правила с принципами «автономии», поручил советам академий составить проекты нового устава духовных академий, М.Д. Муретов подготовил собственный «Проект Устава православных духовных академий» (Сергиев Посад, 1906 г.). В целом проект М.Д. Муретова отвечал принципам специализации и свободы научных исследований, отражённых в уставе духовных академий 1869 г. и повторяемых с некоторыми коррективами в большинстве проектов советов академий за 1905 г. В качестве новых положений М.Д. Муретов предлагал ввести между званием кандидата и учёной степенью магистра по примеру западных университетов ещё ступень лиценциата богословия, присуждаемую за публично защищённую печатную диссертацию pro venia legendi по какому-либо частному вопросу богословской науки. В 1906–1909 гг. М.Д. Муретов состоял членом правления академии, с 21 сентября 1906 г. по 6 октября 1907 г. – инспектором Московской духовной академии. В 1909 г. за сборник очерков «Эрнест Ренан и его “Жизнь Иисуса”» М.Д. Муретов был удостоен премии Курского епископа Михаила (Лузина) за лучшие печатные труды наставников и воспитанников академии по Священному Писанию. 4 октября 1910 г., согласно новому уставу духовных академий, строго ограничивавшему профессорскую службу 30 годами, М.Д. Муретов вышел в отставку, но по особому ходатайству Совета Московской духовной академии ему было предоставлено право безвозмездно читать лекции и участвовать в заседаниях академического совета; особым соизволением императора от 9 октября 1914 г. М.Д. Муретову было назначено вознаграждение в размере доцентского оклада. Сверхштатную профессорскую службу М.Д. Муретов не оставил до конца жизни; по мнению членов корпорации, он был «живой связью молодой Академии с Академией старой, носителем академических традиций, образцом нераздельного служения и преданности науке». 23 июля 1908 г. М.Д. Муретов женился на Л.Я. Хватининой, дочери крестьянина села Святкова Александровского уезда Владимирской губернии (Российский государственный исторический архив, Центральный государственный архив Москвы), хотя профессор Московской духовной академии Василий Петрович Виноградов ошибочно полагал, что М.Д. Муретов «никогда не был женат». М.Д. Муретов был избран почётным членом Московской духовной академии (1911 г.), Санкт-Петербургской духовной академии (1912 г.), Казанской духовной академии (1913 г.) и Киевской духовной академии (1914 г.). Среди многочисленных учеников М.Д. Муретова были будущие библеисты Николай Никанорович Глубоковский, Василий Никанорович Мышцын, священномученик Иларион (Троицкий); по предложенным им темам было написано 18 магистерских и больше сорока кандидатских диссертаций. Рецензии М.Д. Муретова на диссертации и монографии содержат самостоятельные исследования рецензента по частным вопросам и иногда изданы в виде статей и брошюр. За время службы М.Д. Муретов прошёл путь от надворного (1 мая 1886 г.) до действительного статского (6 мая 1906 г.) советника, был награждён орденами святой Анны третьей (1892 г.) и второй (1901 г.) степени, святого Станислава третьей (1886 г.), второй (1896 г.) и первой (1913 г.) степени, святого Владимира четвёртой (1904 г.) и третьей (1910 г.) степени, а также орденом святого Саввы второй степени от сербского короля (1908 г.).