Выводы исследования М.Д. Муретова о «подлинности происхождения и достоверности содержания всего Четвероевангелия... вполне согласуются с древне-церковным преданием о происхождении наших четырёх канонических Евангелий». Высокую оценку получил небольшой комментарий М.Д. Муретова на Евангелие от Матфея (1901 г.), в котором исследователи увидели замечательный пример применения богословских теорий для решения повседневных нравственных вопросов в жизни верующего. По мнению архиепископа Илариона (Троицкого), эти истолкования М.Д. Муретова «по богатству идейного содержания и по возвышеннocти... стоят несравненно выше многих подробных комментариев». В статье, посвящённой Иуде Искариоту, М.Д. Муретов усматривал причину его предательства в разделяемых им национально-политических представлениях, противоположных возвышенным идеалам учения Христа, описывая это трагичное противостояние как конфликт между «поэзией жизни, духа и любви и прозой смерти, плоти, сухого экономического расчёта». Лекционный курс по Священному Писанию Нового Завета М.Д. Муретов разделил на две равноценные по времени части – исагогическую и экзегетическую. Исагогическая часть включала историю новозаветного канона и новозаветного священного текста, частное введение в книги Нового Завета, а также историю экзегезы и критики Нового Завета, где рассматривался не только святоотеческий период толкования, но и история западной экзегезы, особенно протестантской XVII–XIX вв. В результате автор пришёл к выводу о несостоятельности многовековых попыток выстраивания экзегезы вне православной церкви и подтвердил истинность святоотеческих начал толкования Священного Писания. В экзегетической части курса основное внимание уделялось обзору посланий апостола Павла и всестороннему изъяснению избранных мест Четвероевангелия (Центральный государственный архив Москвы). Главным в изучении Нового Завета М.Д. Муретов видел постижение тайны «откровения Бога в Слове и воплощения Логоса», составляющей основу новозаветного богословия, а первоочередной задачей православной «школьной» библеистики – построение её научной системы. Эта система должна иметь своим началом, серединой и концом Христа, Который превышает человеческий разум и пребывает вне обычных методов науки; без этого все филологические изыскания, археологические и исторические справки, история текста и канона, вопросы подлинности и достоверности, многотомные комментарии «окажутся мёртвыми костями без плоти живой и духа». Работа М.Д. Муретова над лекционным курсом отражалась на постепенной его модификации: в 1909 г. в педагогическую часть курса был включён предваряющий очерк «Новый Завет, как предмет науки вообще и православно-богословского изучения в частности» (в 1915 г. опубликован в Юбилейном сборнике Московской духовной академии), а в экзегетическую часть – завершающий богословско-систематический раздел о евангельских чудесах и об основных понятиях Нового Завета. Уйдя за штат, М.Д. Муретов продолжал преподавание «систематического изъяснения основных нравственно-религиозных понятий Нового Завета» и проводил занятия по научному разбору сектантских толкований разных мест Нового Завета (евангеликов, штундо-баптистов, адвентистов, толстовцев, молокан и проч.) (Центральный государственный архив Москвы).