Во время Смуты Макарий стал небесным покровителем земского движения, начавшегося на верхневолжских землях в 1608–1609 гг. Как следует из «Сказания о чудесех преподобнаго… во граде Юрьевце Поволском и в пределах его во время… нахождения безбожных ляхов…», известного исследователям в составе унженских сборников, жители Юрьевца, деревень Елнатской, Березниковской и Коряковской приписывали победу, одержанную ими 28 июня 1609 г. над двухтысячным отрядом Александра Юзефа Лисовского, помощи Макария. Разгром наиболее боеспособного карательного отряда имел тяжёлые последствия для Лжедмитрия II. Верхнее Поволжье перешло под контроль войск царя Василия Ивановича Шуйского, следствием чего стало изгнание отрядов Лжедмитрия II из Замосковья. В каждом населённом пункте, упомянутом в «Сказании о чудесех...», были созданы храмы и монастыри, посвящённые Макарию: деревянный храм в Юрьевце; монастырь на устье реки Нёмды, устроенный крестьянами деревни Коряковской, несмотря на трудности военного времени (упразднён в 1708 г.); монастырь близ села Пурех Балахнинского уезда (упразднён в первой четверти XVIII в.); монастырь близ слободы Решма Кинешемского уезда. По оценкам историков, земское движение стало частью того патриотического подъёма, который привёл к созданию народного ополчения во главе с Дмитрием Михайловичем Пожарским и Козьмой Мининым и к восстановлению самостоятельности России после многих лет интервенции и гражданской войны. Макария почитали в царской семье. В «Истории вкратце о пришествии великого государя царя и великаго князя Михаила Феодоровича…» (известна в составе унженских сборников – Институт русской литературы и искусства (Пушкинский Лом), Российская национальная библиотека) – повествуется о богомолье царя Михаила Фёдоровича в Унженском монастыре в 1619 г. Впервые, как сообщает это произведение, царь посетил обитель ещё отроком, когда вместе с матерью «из Костромских предел» ходил молиться к Макарию об освобождении из плена своего отца (впоследствии патриарх Филарет (Романов)). 24 августа 1619 г., спустя несколько месяцев после возвращения Филарета (Романова) в Москву и возведения на Патриарший престол, царь Михаил Фёдорович вместе с великой инокиней Марфой снова отправился в Унженский монастырь для богомолья у гроба Макария. По благословению первосвятителя было проведено церковное следствие о чудесах, происходивших в Унженской обители, а также учтены свидетельства исцелённых от чудотворного образа Макария из поместья князя Д.М. Пожарского, находившегося в Пурецкой волости, о которых он извещал патриарха в письме. В своей переписке представители царского рода называли Макария «великим в чюдесех» и «предивным в чюдесех».