Биография святого реконструируется на основании Жития, составленного почти через сто лет после его преставления. Дата рождения Макария высчитывается исходя из свидетельства Унженской редакции Жития о том, что Макарий преставился в 1444 г. в возрасте 95 лет. Однако «Ермолинская летопись» сообщает, что Макарий присутствовал на Соборе, созванном князем Дмитрием Георгиевичем Шемякой в сентябре 1446 г. («Полное собрание русских летописей», том 23). Исследователи полагают, что святой преставился через несколько лет после Собора. Родителей Макария звали Иоанн и Мария. В «Пространной редакции» Жития говорится, что его отец был купцом. Согласно тексту Унженской редакции, родители долго не имели детей, поэтому «моляхуся Богу и к церквам святым притекаху, просяще таковаго дара» (Российская национальная библиотека). Ещё в младенчестве ребёнок удивлял родителей: когда звонили к утрене, он начинал плакать, хотя в другое время оставался спокойным. Однажды, когда родители собирались на службу, мальчик, услышав церковный звон, по обыкновению заплакал. Иоанн и Мария стали сокрушаться, говоря, что если бы ребёнок был спокойным, то брали бы его с собой в церковь. Младенец сразу затих, а когда его принесли в церковь, то «нача радоватися зѣло и веселитися». С того времени ребёнка постоянно носили в церковь «ко всякому обычному правилу» (Российская национальная библиотека). Когда он подрос, его отдали учиться книжной грамоте, своими успехами отрок превосходил не только сверстников, но и старших детей. Детским играм предпочитал чтение книг и каждодневное посещение храма. В возрасте 12 лет, тайно покинув родительский дом, направился в нижегородский Печерский в честь Вознесения Господня мужской монастырь, расположенный на берегу Волги, в двух верстах от города. По пути ему встретился нищий, с которым он обменялся одеждами. В обители отрок обратился к настоятелю – преподобному Дионисию (с 1374 г. – архиепископ Суздальский, Нижегородский и Городецкий). Скрыв своё происхождение, он сказал, что сирота, нищенствует и желает служить Богу в монастыре. Настоятелю понравились речи отрока, и, предугадав его великое предназначение, он постриг его в иноки и поселил в своей келье: «...И бысть ему старецъ и наставникъ» (Российская национальная библиотека). В «Пространной редакции» Жития сказано, что Макарий был наречён в честь «тезоименнаго Макариа»; в Унженской редакции уточняется, что имя было дано в честь Макария Великого. Родители, не имея известий о сыне, искали его. Через три года они узнали, что Макарий подвизается в Печерской обители, однако инок не только не захотел вернуться домой, но и не повидался с отцом. Уступая его уговорам, Макарий согласился только протянуть ему руку через окно. Поцеловав её, отец вернулся домой, радуясь, что Бог даровал им сына-подвижника. Ища более уединённого места, Макарий вскоре удалился на реку Лух, где построил хижину и жил в молитвенном одиночестве. Однако вскоре вокруг Макария собралась братия, «и по нѣколицѣх лѣтѣхъ воздвиже имъ церковь» в честь Богоявления. Устроив жизнь братии, Макарий покинул обитель.