Почитание Макария началось задолго до его канонизации. Так, в «Чуде о граде Унжа» рассказывается, как казанские татары, захватив в июле 1522 г. Унженский монастырь, стали грабить церковь и «начаша раку святого обоимати», за что были поражены слепотой. Следовательно, уже в первые десятилетия XVI в. место погребения святого в монастырском Троицком соборе было «отмечено особым образом». Бо́льшая часть чудес святого, следующих за текстом «Краткой редакции», связана с периодом столкновения Руси с Казанским царством. 5 июля 1522 г., во время трёхдневной осады Унжи, воевода Фёдор Васильевич Супонев (в 1520–1530 гг. служил в Галиче и в Чухломе) молился в церкви перед «образом преподобного отца Макария». Когда татары подожгли город, жители Унжи увидели святого, который стоял над городом с кувшином в руках и гасил пламя. Вскоре пошёл сильный дождь, буквально затопивший город. Русским воинам удалось обратить татар в бегство. Пленные рассказали, что в разгар боя против них выступил некий «калугер» (монах), «имѣя под собою конь, яко велии зѣло сивъ» («Житие Макария Желтоводского и Унженского». 2005 г.). В январе 1532 г. татары напали на город Соль Галицкая (ныне Солигалич). Местные жители, укрывшиеся в кремле, сопротивлялись из последних сил. В Житии говорится, что в Успенской церкви находился «образ Макария чюдотворца Желтоводского». Священники вынесли икону из храма на площадь, где отслужили молебен о спасении города. Пока люди молились, за городскими стенами в солеварнях шёл бой с татарами. Утром следующего дня, 18 января, жители увидели в городских воротах «мужа честна, многолѣпными сѣдинами украшена; и одежда бѣ ему огнеобразна, иночесъкаго чину багровидну. Конь же имѣя под собою сивъ». После чудесного избавления города в Успенском соборе Соли Галицкой был устроен придел во имя преподобного Макария Унженского, по которому часто храм именовался Макариевским (собор разрушен в 1930 гг.). С XVIII в. одной из главных святынь города стал скульптурный образ Макария, с крестом и копьём (до начала XX в. хранился в Успенском соборе, ныне находится в Костромском музее-заповеднике). После событий 1522 и 1532 гг. почитание Макария как небесного защитника и «крепкого хранителя» распространилось по всему Костромскому краю. «Макарьево Желтоводцкого добродетельное житие» было известно Московскому митрополиту Макарию: об этом упоминает патриарх Филарет (Романов) в письме от 1619 г. царю Михаилу Фёдоровичу. В 1596 г. царь Фёдор Иванович, узнав о «преславном чудодѣйствии, отъ честныхъ мощей его бываемом», прислал в Унженскую обитель строителя Давида Хвостова, повелев ему «монастырь той строити, и о всякихъ потребахъ возвѣщати его царскому величеству».