Кроме того, оказывалось сопротивление иезуитскому контролю за униатской церковью при помощи поставленного при униатской церкви теолога; существование подобного института воспринималось как угроза латинизации и даже растворения униатской церкви в католической церковной системе. Вместе с тем исследователи констатируют, что в течение 30 лет после провозглашения унии австрийским императорам так и не удалось осуществить реальную интеграцию румын в социально-политическую систему Трансильвании. Своё прагматическое видение реорганизации церковной жизни румын, согласно предписаниям актов императора Леопольда I, И.И. Мику-Кляйн представил в 24 записках и петициях, переданных императору Карлу VI и императрице Марии Терезии в 1732–1744 гг. Петиции И.И. Мику-Кляйна позволяют исследователям рассмотреть его истинную политическую программу, которая обосновывала согласно естественному праву существование самостоятельной валашской нации, имеющей право полноценно участвовать в политической жизни империи. Вместе с тем И.И. Мику-Кляйн апеллировал к исходным правам румын, принимал во внимание большую численность румынского населения в империи, вклад румын в финансовую поддержку государства, приверженность католицизму и подчёркивал, что среди румын много образованных людей. Концепцию нации в политическом и административном смысле он использовал (как это было характерно для его эпохи) двояко, без разграничений: трактовал понятие нации, с одной стороны, с точки зрения средневекового права, как социальной группы, отличающейся от других наличием некоторых привилегий; с другой стороны, в духе Нового времени – как общность людей, имеющую общий язык, религию и традиции. Настойчивость, с которой И.И. Мику-Кляйн выдвигал эти политические требования в течение долгих лет, вызвала активную оппозицию представителей других наций, представленных в трансильванском сословном собрании (венгров, саксов, секеев). В 1744 г. И.И. Мику-Кляйн предстал перед следственной комиссией в Вене. Страх перед арестом и отстранение от выполнения обязанностей вынудили его выехать в Рим, где после долгих переговоров он под давлением Римской курии, в конце концов, оставил свой пост (7 мая 1751 г.) и принял от австрийского канцлера Венцеля Антона Кауница-Ритберга пожизненную пенсию. В Риме И.И. Мику-Кляйн жил в резиденции монахов-базилиан (русин-униатов из Польши) при церкви Ла-Мадонна-дель-Пасколо. Он неоднократно обращался к властям с просьбой дать ему разрешение вернуться в Трансильванию. После кончины епископа Фэгэрашского, примаса Румынской греко-католической церкви Петру Павла Арона (1764 г.), он по предложению протоиерея Авраама Дэяну и других сторонников претендовал на эту кафедру, но Венский двор каждый раз отвечал отказом.