Эту записку Филарет (Дроздов) передал императору Александру II. По Высочайшему повелению было назначено следствие Синода, вскрывшее многочисленные злоупотребления игумена Иоасафа (Толстошеева) и его сторонников. Вскоре им запретили всякое вмешательство в дела обители, а Е.А. Ушакова была пострижена в монашество с именем Мария и стала первой игуменьей Дивеевского монастыря. 13 августа 1861 г. в Воронеже, во время торжеств по случаю прославления Тихона Воронежского, Н.А. Мотовилов получил полное исцеление от многолетних болезней. Тогда же он составил и направил митрополиту Новгородскому и Санкт-Петербургскому Исидору (Никольскому) обширную «Докладную записку» (Российская национальная библиотека, Санкт-Петербургская духовная академия), в которой содержатся уникальные сведения о преподобном Серафиме Саровском, Антонии (Смирницком) и о самом Н.А. Мотовилове. В том же году Н.А. Мотовилов начал хлопоты об устроении Спасо-Преображенского банка, а также обширного конезавода в Предкавказье. В 1865 г. окончился срок почти двадцатилетней службы Н.А. Мотовилова почётным смотрителем. Он продолжал выполнять обязанности совестного судьи до упразднения этой должности в 1866 г. Вышел в отставку в звании коллежского советника, что соответствовало шестому классу «Табели о рангах». С этого времени жизнь Н.А. Мотовилова была посвящена исключительно литературным трудам. До своей кончины он много работал над составлением задуманной ещё в 1832 г. философско-богословской апологии православной веры с длинным названием «Истинныя понятия: о Боге, об Ангелах Святых, и о Злых Духах. – о Механизме Вселенной – о создании земли и на ней человека, о заповеди данной ему в Раи и о преступлении оной. О благодати искупления. История рода человеческаго от Адама и до сего дни в параллельном отношении веры и жизни; – Сличение всех вер на свете и доказательство, что только наша Русско-Греческая Восточная Апостольская есть истинно Православная Отеческая Вселенская Христова и Божия вера на всем свете. Мысли о приближении кончины века и о близости пришествия Антихристова. – О седьми Вселенских Соборах и о необходимости осьмаго для соединения Святых Божиих Церквей. – О необходимости всемирнаго покаяния, – и об истинно-Христианской жизни – и об истинном Монашестве». Одновременно Н.А. Мотовилов занимался составлением подробного жизнеописания преподобного Серафима Саровского, а также собирался написать службу Тихону Задонскому (в архиве Дивеевского монастыря хранилось больше двадцати рукописей Н.А. Мотовилова). Большую часть жизни Н.А. Мотовилов проводил в паломничествах, вместе с семьёй посетил преподобного Парфения (Краснопевцева); был знаком со святителями Игнатием (Брянчаниновым) и Феофаном Затворником (Говоровым) и другими подвижниками. Был особенно близок с блаженной Пелагеей Ивановной Серебренниковой. «Безумный ты, Николка! Такой же безумный, как и я», – говорила ему блаженная. В его доме часто служили всенощные, Н.А. Мотовилов по обыкновению сам читал шестопсалмие. Кончина Н.А. Мотовилова, как и предсказывал преподобный Серафим Саровский, была безболезненной и тихой – умер он в день причащения Святых Христовых Таин. Согласно завещанию, тело Н.А. Мотовилова было перевезено в Дивеево и погребено у Казанской церкви, рядом с преподобными Александрой, Марфой и Еленой. Могила сохранилась.