В 1836 г. Филарет (Дроздов) писал, что иеромонах Максим (Погудкин) «по неоднократной и настоятельной просьбе от должности строителя увольняется с благодарностью за понесенное им служение и с тем, чтобы преемник с вниманием доставлял старцу мирное пребывание» в обители. 31 августа того же года Мефодиев Пешношский монастырь возглавил игумен (с 1851 г. – архимандрит) Сергий (ум. в 1857 г.), бывший настоятель московского Сретенского монастыря. В 1848 г. митрополит Филарет (Дроздов) поручил благочинному, наместнику Троице-Сергиевой лавры архимандриту Антонию (Медведеву), отобрать несколько пешношских насельников для перевода в Оршин в честь Вознесения Господня монастырь и устроения там общежития, однако братия Мефодиева Пешношского монастыря отказалась покидать родную обитель, даже рискуя навлечь на себя гнев святителя. В 1854 г. несколько монахов Мефодиева Пешношского монастыря направились для введения общежития в Чуркинскую пустынь (см. Чуркинский Высокрогорский в честь Успения Пресвятой Богородицы и святителя Николая Чудотворца мужской монастырь). В мае 1857 г. Мефодиев Пешношский монастырь возглавил иеромонах Мефодий (ум. в 1869 г.), ученик и келейник архимандрита Макария (Брюшкова), возведённый 30 декабря 1862 г. в сан архимандрита. Обитель неоднократно посещали Филарет (Дроздов), Иннокентий (Вениаминов), викарий Московской епархии Дмитровский епископ Серафим (Звездинский). Среди лиц, погребённых в Мефодиевом Пешношском монастыре, исследователям известны благотворитель монаха Нифонт (Верёвкин; ум. в 1676 г.), князь Алексей Иванович Шаховской (1690–1737 гг.), боевой генерал князь Михаил Петрович Волконский (1755–1805 гг.), директор Санкт-Петербургского дворянского банка князь Иван Андреевич Вяземский (1722–1798 гг.), надворный советник барон Сергей Семёнович Тухачевский (ум. в 1800 г.), дмитровские помещики Афанасий Павлович Юшков (ум. в 1804 г.), городничий Иван Макарович Квашнин (ум. в 1800 г.) и др. В обители находились родовые усыпальницы Дмитриевых-Мамонтовых, Апраксиных, князей Засецких, Ржевских, Вельяминовых. В конце XIX в. в Мефодиевом Пешношском монастыре была открыта школа-приют на 15 сирот, для которой в 1901 г. выстроили отдельное здание. В 1902 г. в монастыре был проведён водопровод. К обители была приписана деревянная Мефодиева часовня, поставленная в лесу на месте предполагаемого первоначального поселения основателя. Ежегодно 14 июня к ней совершался крестный ход из Мефодиева Пешношского монастыря. В двух верстах от монастыря находилась часовня Иоанна Предтечи, крестный ход к которой совершался 24 июня. Для братии, стремившейся к «особенному уединению», в двух верстах от Мефодиева Пешношского монастыря, в лесу, в 1793 г. иеромонахами Самуилом, Дорофеем и Иосифом была устроена пустынь с двумя кельями, плетневой оградой, прудом, садом, огородом. В 12 верстах от Мефодиева Пешношского монастыря, на берегу реки Сестры, стояла мукомольная «о 6 поставах» мельница. В 1906 г. Мефодиев Пешношский монастырь посетил поэт Александр Александрович Блок с супругой.