При иеромонахе Игнатии в Мефодиев Пешношский монастырь поступил московский купец А.Г. Мокеев (ум. в 1792 г.), оказывавший обители финансовую помощь и поддерживавший все начинания строителя. В 1786 г. на средства московского купца А.А. Медведкина вместо обветшавшей деревянной раки над гробом преподобного Мефодия в Сергиевской церкви была поставлена деревянная позолоченная рака. Когда 20 марта 1788 г. иеромонах Игнатий был переведён настоятелем в тихвинский Большой в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь, многие насельники последовали за ним. На Пешноше остались только два иеромонаха, иеродиакон и несколько иноков. После упразднения Переславской епархии Мефодиев Пешношский монастырь в 1788 г. перешёл в ведение Московской епархии. В том же году по прошению братии обитель возглавил сподвижник Игнатия иеромонах Макарий (Брюшков). Вскоре тихвинский архимандрит Игнатий прислал в Мефодиев Пешношский монастырь копию с чудотворной Тихвинской иконы Божьей Матери в знак духовного преемства строителей-сподвижников. Иеромонах Макарий (Брюшков) состоял в переписке с преподобным Паисием (Величковским), пользовался его наставлениями; получил в подарок от преподобного посох. В конце 1790 гг. преподобный Феофан (Соколов), игумен Кириллова Новоезерского в честь Воскресения Христова мужского монастыря, посетил Мефодиев Пешношский монастырь и «испросил» у иеромонаха Макария (Брюшкова) «пешношский чин» и несколько насельников для введения в своей обители общежития. В 1796 г. Московский и Коломенский митрополит Платон (Левшин) поручил иеромонаху Макарию (Брюшкову) «наблюдение» за Оптиной в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустынью. Он перевёл в Оптину пустынь строителя иеромонаха Иосифа, а в 1797 г. – постриженика Мефодиева Пешношского монастыря строителя иеромонаха Авраамия, установившего в Оптиной пустыни «новый порядок нестяжательной жизни». Авраамий подавал «в этом личный пример и требуя от братии точного исполнения своих распоряжений». Для восстановления пустыни иеромонах Макарий (Брюшков) направил туда 12 пешношских насельников, в том числе и будущего иеросхимонаха Афанасия (Степанова). В 1796–1797 гг. митрополит Платон (Левшин) поручал Макарию (Брюшкову) наблюдение за всеми церквами в Рогачёве, Ведерницах и Медведевой Богородице-Рождественской пустыни на берегу реки Сестры. В 1798 г. братия Давидовой в честь Вознесения Господня мужской пустыни попросила митрополита Платона (Левшина) ввести общежительный устав и «все что на Пешноше». По поручению Московского митрополита иеромонах Макарий (Брюшков) составил общежительный устав для московского в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери мужского монастыря. Больше 20 учеников иеромонаха Макария (Брюшкова) стали настоятелями других монастырей, в том числе иеромонах Пахомий – Берлюковской во имя святителя Николая Чудотворца мужской пустыни. При Макарии (Брюшкове) в Мефодиевом Пешношском монастыре были перестроены ветхие здания, возведены новые, над мощами преподобного Мефодия сооружена позолоченная рака с высеченным на ней текстом тропаря и кондака преподобному.