Обитель пользовалась неизменной поддержкой и покровительством Московского митрополита Платона (Левшина), который после первого посещения её в 1795 г. воскликнул: «Пешноша – в моей епархии вторая лавра!» 24 августа 1800 г. митрополит Платон (Левшин) распорядился «для почести Пешношския обители и в вознаграждение за устроение оныя обители и за введение доброго порядка строителю той обители, иеромонаху Макарию, благословляем носить в служении набедренник и ходить с посохом преподобного Мефодия Пешношского, не в пример будущим по нем строителям». В 1800 г. указом Московской духовной консистории в Мефодиев Пешношский монастырь из Высоковского монастыря была переведена епархиальная больница; стали насельниками Мефодиева Пешношского монастыря пять монашествующих из этой обители. В 1801 г. по ходатайству архимандрита Макария (Брюшкова) штатное число монашествующих увеличилось до 30. С того же года устав, который привёз с Афона старец Клеопа, был официально введён на Пешноше «в полном составе»: полагалось совершение двух литургий, ведение синодиков, неусыпное чтение Псалтири, чтение вечернего правила с «умной молитвой» и поклонами. 9 августа 1806 г. Макарий (Брюшков) был возведён в сан архимандрита и назначен настоятелем одновременно и дмитровского во имя святых Бориса и Глеба мужского монастыря. С того же года наместником Мефодиева Пешношского монастыря был иеромонах Иаков. В 1812 г., при строителе (1811–1819 гг.) иеромонахе Пахомии (Волкове; ум. в 1835 г.), монастырь избежал разорения со стороны французских войск; основные реликвии были эвакуированы в село Кимра Тверской губернии. В обители оставались только престарелые насельники, готовые принять мученическую кончину; богослужения не прекращались, но совершались без колокольного звона. В 1815–1816 гг. в южном братском корпусе Мефодиева Пешношского монастыря на положении послушника проживал археограф и историк К.Ф. Калайдович. При помощи монастырского письмоводителя Мефодия он составил историческое и топографическое описание обители (1837 г.). В 1820 гг. в монастыре был издан сборник сказаний о чудесах Божьей Матери «Зерцало Богородицы». Иеромонах Максим (Погудкин; ум. в 1850 г.), управлявший Мефодиевым Пешношским монастырём в 1819–1836 гг., почитается как подвижник благочестия. Максим (Погудкин) стяжал дар прозорливости, его настолько почитали местные крестьяне, что «запрещали своим детям петь песни вблизи монастыря, боясь хоть чем-то оскорбить настоятеля». Иеромонах Максим (Погудкин) состоял в переписке с преподобным Львом (Наголкиным) Оптинским; пользовался глубоким уважением митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова). При нём число братии Мефодиева Пешношского монастыря увеличилось до 135. Среди учеников иеромонаха Максима (Погудкина) – настоятели Берлюковской, Давидовой пустыней, Стефанова Махрищского во имя Святой Троицы монастыря. По прошению строителя Максима (Погудкина) 5 июня 1836 г. Филарет (Дроздов) запретил торговлю вином в «заведении», построенном у ограды Мефодиева Пешношского монастыря, «тем более неприличном, что при монастыре нет никакого селения».