А.Н. Муравьёв обратился к наместнику края князю Михаилу Семёновичу Воронцову, умоляя «пощадить» место, «столь священное для целой России», ездил в Николаев для личной встречи с адмиралом М.П. Лазаревым, которого убедил отказаться от устройства чумного госпиталя. 15 июля 1858 г., в день памяти святого князя Владимира, А.Н. Муравьёв участвовал в первом торжественном крестном ходе из Севастополя к Херсонесскому скиту, основанному в начале 1850 гг. стараниями архиепископа Херсонского и Таврического Иннокентия (Борисова) и обновлённому после разрушений Крымской войны. Перед путешествием на Север А.Н. Муравьёв издал книгу «Раскол, обличаемый своею историей» (1854 г.), в которой описал «поповщину и беспоповщину» как два основных направления в истории раскола. Убеждённый, что «в скрижалях истории хранится истина», А.Н. Муравьёв полагал, что «история постепенного развития обществ раскольнических есть лучшее против них обличение». К историческим трудам о расколе А.Н. Муравьёв относил книгу протоиерея Андрея Иванова (см. ст. Журавлёв Андрей Иванович) «Полное историческое известие о древних стригольниках, и новых раскольниках, так называемых старообрядцах, о их учении, делах и разгласиях, собранное из потаенных старообрядческих преданий, записок и писем…» (СПб., 1795 г., четыре части, и сочинения о расколе архиепископа Воронежского и Задонского Игнатия (Семёнова). Другие же сочинения о расколе, по его мнению, были, скорее, догматического и обличительного направления. А.Н. Муравьёв решил описать в небольшом очерке начало и развитие раскола, от первого исправления книг при преподобном Максиме Греке до утверждения единоверия. Научным и литературным завершением паломничеств А.Н. Муравьёва стало сочинение «Жития святых Российской Церкви, также иверских и славянских и местночтимых подвижников благочестия», работа над которым началась летом 1854 г. В 1855–1858 гг. были подготовлены и напечатаны 12 томов, содержавших Жития только русских святых (в том числе канонизированных и местночтимых) в отличие от древнерусской традиции, когда в подобные сборники включали Жития и греческих святых. По утверждению А.Н. Муравьёва, он основывался на текстах тетради с русскими святцами 1657 г., найденной им в куполе новгородского Софийского собора. Книги «Житий…» он посвятил И.А. Гончарову, как и «Письма о богослужении…». А.Н. Муравьёв собирал материалы по всей России и за границей, занимался в Патриаршей библиотеке в Москве, в библиотеке Троице-Сергиевой лавры, изучал монастырские библиотеки и частные коллекции. По собственному признанию, он писал «все лица al-fresco, наскоро, чтобы кончить все триста лиц». Подобная манера обработки собранных материалов приводила к ошибкам. На замечание Петра Симоновича Казанского о необходимости быть внимательнее, А.Н. Муравьёв отвечал: «Вы с Вашими требованиями пять лет просидите над сочинением, и в десять лет разве сто человек прочитают их, и после уже оценят их достоинство. Я напишу это в пять месяцев и скорее, мою книгу станут тотчас читать; знаю, что через десять лет её забудут, но она сделала своё дело». О «Житиях…» А.Н. Муравьёва и других его сочинениях резко отзывался архиепископ Филарет (Гумилевский). В 1856 г. он обратился в Синод с прошением прислать ему пособия из архивов и библиотек для задуманного им труда «Жития святых», который был необходим, в частности, потому, что «Жития…» А.Н. Муравьёва наполнены «множеством ошибок, несправедливостей и несообразностей». Считается, что «Жития…», составленные А.Н. Муравьёвым, положили начало светской житийной традиции в русской литературе.