В этот период патриарх неоднократно вёл собеседования на религиозные темы с султаном (доказывая ему истинность своей веры при помощи доводов «от Евангелия и природы», т.е., по мнению исследователей, обосновывая триадологический догмат) и с находившимся при его дворе философом-«персом» Камаль ад-Дином (обсуждая с ним экзегетические вопросы). Зимой 1178/1179 гг. в Сен-Жан-д'Акр (ныне Акко (Акка)) Михаил Сириец был с почётом принят Иерусалимским королём Балдуином IV. В 1180 г., в бытность Михаила Сирийца в Антиохии, часть епископата, не разделявшая его стремления восстановить церковную дисциплину, собралась в Амиде и выдвинула в качестве антипатриарха (с именем Иоанн) Феодора бар Вахбуна, который ещё раньше, по мнению исследователей, выражал желание отказаться от яковитского исповедания в пользу халкидонитского. Михаил Сириец не замедлил низложить Бар Вахбуна и заключить его в монастырь Бар-Саума, откуда тот бежал при содействии некоторых монахов в Дамаск, где пытался представить своё дело на суд Салах-ад-Дина, а затем в Иерусалим, где оставался до падения города. В 1187 г. он переехал в Ромклу к преемнику Нерсеса IV Шнорали Григору V Тхе (1173–1193 гг.), вместе с которым удалился в Киликийскую Армению. Там его притязания, в конечном счёте, признал армянский князь Левон II Рубенян, утвердивший его патриаршую власть над яковитами в своих владениях. Раскол продолжался до 1193 г., когда Бар Вахбун умер. Он оставил после себя анафору, составленную из более ранних литургических фрагментов, изъяснение последования святой евхаристии и апологетическое изложение своей распри с Михаилом Сирийцем на арабском языке; сохранились также два его письма по-сирийски, относящиеся к последним годам его жизни: первое, пространное, обращено к не названному по имени митрополиту Тарсскому (предположительно армянину Нерсесу Ламбронаци), а второе, более краткое, – к Иерусалимскому митрополиту. После смерти антипатриарха Иоанна Михаил Сириец в знак примирения с Левоном II участвовал в его коронации с именем Левон I, состоявшейся на праздник Рождества Христова по армянской традиции (6 января) 1198 г. О тесных контактах патриарха не только с князьями и прелатами крестоносцев в Леванте, но и с мусульманскими государями, которым подчинялось большинство его паствы, свидетельствует эпизод из предпоследней книги «Хроники»: при встрече с одним из полководцев правителя Мосула Сайф ад-Дина из династии Зангидов Михаил Сириец предостерегал его от решения вопросов веры мечом, ссылаясь на слова «Нет принуждения в религии» (Коран II 256). Несмотря на общую политическую нестабильность (с этим, по мнению исследователей, связан и его последовательный отказ выезжать за пределы Западной Азии), Михаил Сириец остался в истории как ключевая фигура так называемого яковитского Ренессанса (вторая половина XII в. – первая половина XIII в.), выдающийся строитель и обновитель церквей и монастырей. Главным объектом его попечения была обитель Бар-Саума, которая сильно пострадала от пожара 20 июля 1183 г., но была восстановлена и получила богатое книгохранилище – одно из наиболее значительных в западно-сирийском культурном ареале.