Изображения Мануила II Палеолога сохранились в миниатюрах нескольких рукописей. В греческой рукописи «Ареопагитик» Мануил II Палеолог изображён с супругой Еленой и тремя старшими сыновьями (Иоанном VIII, Феодором и Андроником). Всю семью благословляют Пресвятая Богородица и Младенец Христос. Над головой Мануила II Палеолога помещена расширенная официальная формула: «Мануил Палеолог, во Христе Боге верный император и автократор ромеев и вечный Август». Рукопись была изготовлена в Константинополе между 1403 и 1405 гг. и преподнесена в 1408 г. аббатству Сен-Дени византийским учёным Мануилом Хрисолором в качестве императорского дара в память о посещении Мануилом II Палеологом этой обители. На фронтисписе рукописи и было помещено изображение императорской семьи – один из ярких образцов официального императорского портрета. Парижскую рукопись, содержащую текст «Надгробной речи», украшает роскошное изображение Мануила II Палеолога, помещённое между вступительным пассажем и началом самой речи. На миниатюре Мануил II Палеолог облачён в парадное одеяние, императоррскую стемму с препендулиями, в правой руке держит скипетр, увенчанный крестом в знак его веры, в левой – акакию (шёлковый мешочек пурпурного цвета с прахом), символизирующую смирение. Это изображение идентично императорскому портрету, представленному на более ранней миниатюре из Лувра. Надпись, расположенная в два столбца по бокам от фигуры, гласит: «Мануил Палеолог, во Христе Боге верный император и автократор ромеев». Рукопись, изготовленная в Константинополе в 1409–1411 гг., была официальным экземпляром речи, представленной её переписчиком Исидором, будущим Киевским митрополитом, ко двору в Мистре не позднее июня 1411 г. Изображение Мануила II Палеолога исследователи встречают и среди императорских портретов дома Палеологов в рукописи XV в., содержащей текст сочинения Иоанна Зонары. Исследователи отмечают, что все рисунки здесь крайне стереотипные, хотя художник пытался придать императорам некоторые индивидуальные черты (форма и длина бороды, форма носа). Изображение Мануила II Палеолога также весьма условно и не согласуется с другими, более реалистичными его портретами. Сохранился карандашный набросок, на котором погрудное изображение Мануила II Палеолога помещено между портретами его отца и старшего сына. На пиксиде из слоновой кости, изготовленной, как полагают исследователи, в Фессалонике в 1403–1404 гг. и хранящейся в коллекции Дамбартон-Окса, одна из фигур представляет Мануила II Палеолога в императорском облачении, с регалиями в руках (крестообразный скипетр и акакия). Справа от его головы помещена буква «М», означающая инициал его имени.