В «Диалоге о браке» исследователи выделяют две тематические линии: рассуждения автора о необходимости брака для императора и его оценка внутриполитических проблем, вызванных династическим конфликтом. Обсуждение темы брака ведётся в нравственно-этических категориях: император должен служить примером для подданных, брак обеспечивает преемственность власти и способствует укреплению добродетелей. Другая линия отражает характер конфликта Мануила II Палеолога с Иоанном VII и проблему турецкой опасности. Мануил II Палеолог даёт оценку длительной конфронтации со своим племянником и последствиям альянса Иоанна VII с турками. Он отмечает, что перед ним как правителем стоит задача обеспечения мира в империи, преемственности власти и стабильности политического курса в условиях турецкой агрессии. В 1414–1415 гг. или между 1417 и 1425 гг. Мануил II Палеолог переработал «Диалог о браке» с целью убедить своего наследника Иоанна VIII в необходимости задуматься о будущем династии. «Диалог с неким Персом», дошедший в четырёх рукописях, исследователи считают наиболее значимым произведением Мануила II Палеолога и выдающимся образцом византийско-исламской полемики. Диалог составлен между 1392 и 1394 гг. В период пребывания в лагере под Анкарой в 1391 г. Мануил II Палеолог вступил в дискуссию по вопросам веры с группой мусульман во главе с их мударрисом (учителем). Их споры и подвигли Мануила II Палеолога, питавшего интерес к богословию и религиозной полемике, написать «Диалог...». Трактат, содержащий 26 диалогов, представляет собой беседу двух богословов (в этих ролях Мануил II Палеолог изображает себя и некоего мударриса), последователей христианства и ислама, которые рассуждают о тонкостях своих вероучений. Мануил II Палеолог развенчивает доводы собеседника в защиту Мухаммада, подвергает критике мусульманские представления о рае, бессмертии ангелов, душе у животных, отстаивает христианское учение о Святой Троице, Спасении, искупительной жертве Христа. Мануил II Палеолог выступает как апологет христианства, стремящийся обратить в истинную веру собеседника. К концу полемики «перс» (этот антикизирующий этноним Мануил II Палеолог использует для обозначения турок) оказался настолько потрясён доводами собеседника, что испытал желание отказаться от собственной религии и перейти в христианство («Диалог с неким Персом» издан Э. Траппом, позже переиздан и переведён на немецкий язык). Среди религиозных сочинений Мануила II Палеолога – гомилия на канон Пресвятой Богородице, трактат об исхождении Святого Духа, проповеди (в Великую субботу, на Успение Богородицы, о грехе, о святой Марии Египетской), молитвы (молитва перед причастием) и литургические гимны. Некоторые сочинения остаются неизданными. По античным канонам Мануил II Палеолог составил адресованные Иоанну VIII наставления в императорском управлении и семь этико-политических речей. Мануил II Палеолог также был автором многочисленных риторических упражнений: вымышленные ответы Антенора Одиссею, Тамерлана Баязиду, обращение правителя к его подданным и др. К риторическому жанру исследователи относят и описание весны, составленное во время пребывания Мануила II Палеолога в парижском дворце Лувра, где его внимание привлёк гобелен с весенними сценами.