Исследователи отмечают, что сочинения Мануила II Палеолога многочисленны. Среди них письма, богословские трактаты, речи, диалоги, риторические упражнения. Корпус его писем дошёл до нас в нескольких рукописях (в полном составе или частично). В Парижской рукописи, составленной под непосредственным руководством Мануила II Палеолога, письма помещены среди других его сочинений и содержат следы правки, выполненной лично императором. До нас дошли 68 писем, не только демонстрирующих риторический талант автора, но и являющихся ценным историческим документом, отражающим время его правления. Среди его 28 корреспондентов были члены императорской семьи, правители других государств, духовные лица высокого звания, чиновники, богословы, философы, писатели. Несмотря на риторическое обрамление, широкое использование топосов, аллюзии на классических авторов и архаизацию языка, корреспонденция изобилует сведениями о политических событиях (период правления Мануила II Палеолога в Фессалонике, посещение им европейских правителей), о взаимоотношениях с турками (участие Мануила II Палеолога в малоазийских походах, характеристика султана, критика ислама), содержит оценку политической ситуации, подробности интеллектуальной жизни при дворе (обсуждение сочинений в литературных салонах и обмен мнениями по вопросам философии и риторики). Значительным сочинением Мануила II Палеолога исследователи называют «Надгробную речь», дошедшую до нас в семи рукописях (одна из них содержит изображение Мануила II Палеолога). На их основе было подготовлено критическое издание. Речь, в которой панегирик сочетается с плачем (треносом), написана не позднее осени 1409 г. и посвящена младшему брату, деспоту Мореи Феодору I, умершему в июне 1407 г. Мануил II Палеолог не только воздаёт хвалу Феодору как человеку, обладающему высокими достоинствами и добродетелями, но и затрагивает его политическую деятельность. Повествует об основных вехах жизни брата, сообщает о событиях в империи и о той роли, которую в них играл усопший, детально рассматривает время правления Феодора в Морее. Особое внимание в речи уделено проблеме взаимоотношений деспота с турками. Благоразумным Мануил II Палеолог считал поведение брата, который никогда полностью не выходил из повиновения султану, но и не подчинялся ему. Исследователи отмечают, что в традициях риторического жанра написано «Увещевание к фессалоникийцам», в котором Мануил II Палеолог обращается к жителям Фессалоники с призывом организовать сопротивление туркам, потребовавшим в 1383 г. выплатить огромную дань. В этой речи Мануил II Палеолог призывает соотечественников сплотиться, чтобы не допустить порабощения «варварами», уже покорившими всю Македонию. «Нравственный диалог, или О браке», созданный между 1394 и 1396 гг., сохранился в двух рукописях (он был опубликован А. Ангелу). Сочинение написано в форме диалога – популярного жанра византийской риторической литературы. Мануил II Палеолог М. П. ведёт спор со своей матерью Еленой Палеологиней, которая выступает в роли хранительницы императорской власти. По мнению издателя, «Диалог о браке» мог быть стилистической переработкой имевшей место частной дискуссии или серии подобных обсуждений, ведущихся на протяжении нескольких лет.