Кроме того, он настоятельно просил Андрея и Семёна Денисовых во время их поездок по России (в первое десятилетие XVIII в.) «списывати и искати, и они списываше и искаше» материалы для Выговских Миней. Лексинские насельницы, согласно тому же источнику, переписывали уже выработанным полууставным почерком разнородные списки. На длительность процесса составления Выговских Миней указывает и писцовая запись в февральском томе: «Собирася от различных книг многими времяны многотрудием и радением Даниила и Андрея, старейших того общежителства, паче же Симеоновым тщанием и уставщика Петра Прокопьева недостойнаго. Потрудившии же ся в начертании сея смиренней немощней руце девственных лиц...» (Российская государственная библиотека). Все эти собранные из различных источников материалы были систематизированы по календарному принципу П.П. Прокопьевым, который «сам собираше и труждашеся, и собра дванадесять книг миней». Эти письменные сведения полностью подтверждает кодикологический анализ шести ранних томов. Лексинские насельницы переписывали Жития в отдельные тетради, поэтому в Выговских Минеях большинство произведений начинаются с лицевой стороны листа. Иногда переписчицы сразу соединяли в один блок несколько сочинений, посвящённых одному празднику или одному святому или относящихся к двум соседним дням, и переписывали их друг за другом в одну или несколько тетрадей как единое целое. Так, объединены Слова на Крестовоздвижение, на Сретение Господне, Житие и Похвальное слово Иосифу Волоцкому и др. В тома включались и ранее переписанные набело материалы. Например, в февральском томе 1713–1715 гг. есть несколько тетрадей, написанных на бумаге более раннего производства, которая далее в томе не встречается. Это тетрадь с Житием Владимирского князя Георгия (Юрия) Всеволодовича (водяной знак первой половины 1700 гг.) и блок из трёх тетрадей с Житием и Похвальным словом Димитрию Прилуцкому (две филиграни первой половины 1690 гг.). Есть несколько примеров исправлений и добавлений, свидетельствующих о том, что процесс составления свода продолжался и во время переписки материала. Так, в конце июльского тома добавлены статьи за 3, 8 и 12-е числа (дни памяти Никодима Кожеозерского, Прокопия Устюжского и Арсения Новгородского). Исследователи обнаруживают примеры заключительного этапа работы П.П. Прокопьева; его рукой над киноварным заглавием статьи и в колонтитулах бывают вписаны недостающие указания на точный день памяти. Апрельский том сохранил выполненное П.П. Прокопьевым первоначальное оглавление рукописи. Исследователи отмечают, что Выговские Минеи были предназначены, главным образом, для чтения во время общественной молитвы или за трапезой. Иван Филиппов указывал, что Пётр Прокопьев не только составил Минеи Четьи, но «написа, чтоб на всяк день почитати на утрени и на жертвенниках; которыя книги его собрания и ныне в монастыре читаются по вся дни». В церковном уставе Выговской пустыни исследователи находят указания о чтении редких текстов (они есть в Выговских Минеях) и даже прямые отсылки к агиографическому своду. Так, 13 сентября предписывалось «за столом» чтение празднику обновления храма Воскресения Господня в Иерусалиме (этот текст в Великие Минеи Четьи включён не был, а в Выговских Минеях переписан). Под 6 сентября в Выговские Минеи помещено «Чюдо архистратига Михаила, бывшее во Святей горе» (Пётр Прокопьев на поле сделал помету: «Сие чюдо чтется сентября въ 6 день»).