Во время третьего процесса (апрель-май 1527 г.) Игнатий Лойола провёл в тюрьме 42 дня. 1 июня был вынесен приговор: тяжкие обвинения не нашли подтверждения, но Игнатий Лойола должен был носить светскую одежду вместо облачения, подобного монашескому; под угрозой отлучения от церкви в течение трёх лет ему запрещалось преподавать, проповедовать и рассуждать о вопросах католической веры. С разрешения архиепископа Игнатий Лойола отправился в университет Саламанки, но вскоре после прибытия Игнатий Лойола и его спутник Калисто де Са были вновь задержаны; текст ранней версии «Духовных упражнений» передали преподавателям богословия, которые указали на отсутствие у автора необходимой теологической подготовки (это следовало в том числе из представленной в тексте классификации грехов). Получив свободу, Игнатий Лойола решил покинуть Испанию и изучать богословие в Париже. Впоследствии он и его сподвижники отрицали какие-либо связи с испанскими сектантами, однако современные исследователи полагают, что учение «просвещённых» могло повлиять на Игнатия Лойолу, в том числе благодаря его первому духовнику португальцу Мануэлу ди Мионе. После примерно месячного пешего путешествия Игнатий Лойола достиг Парижа (2 февраля 1528 г.) и поступил в коллеж Монтегю, чтобы снова пройти предварительное обучение наукам тривиума (и, как полагают исследователи, квадривиума). В 1528–1531 гг. он неоднократно выезжал во Фландрию (один раз – в Лондон), где собирал милостыню среди испанских купцов: эти деньги шли на оплату обучения в университете и жилья, излишки раздавал бедным. Вскоре у Игнатия Лойолы снова появились последователи: несколько студентов и бакалавров философии и богословия раздали всё имущество, чтобы жить подаянием. Его деятельность привлекла внимание руководства университета, которое подвергло его допросу, но не осудило. 1 октября 1529 г. имя Игнатия Лойолы, поселившегося в коллеже святой Варвары, внесли в матрикул факультета искусств. Вскоре Игнатий Лойола познакомился с савойцем Пьером Фавром и наваррцем Франциском Ксаверием, которые стали его ближайшими сподвижниками. Деятельность Игнатия Лойолы получила поддержку главы коллежа португальца Дьогу ди Говеи (ум. в 1557 г.); вскоре под его руководством несколько докторов богословия прошли курс духовных упражнений. В 1532 г. Игнатий Лойола получил степень бакалавра искусств, 13 марта 1533 г. стал лиценциатом, а 14 марта 1535 г. – магистром. Исследователи полагают, что с 1533 г. он изучал теологию в доминиканском монастыре святого Иакова и, скорее всего, посещал лекции в других богословских центрах Парижа. Игнатий Лойола активно изучал наследие Фомы Аквинского и томистскую традицию, впоследствии ставшую основой иезуитского богословия.