Исследователи полагают, что ко времени пребывания при королевском дворе относится сообщение Игнатия Лойолы о его куртуазной платонической любви к некой высокородной даме. Осенью 1517 г., после смерти попавшего в опалу Веласкеса де Куэльяра, Игнатий Лойола получил от его вдовы «пятьсот эскудо и пару лошадей» и по её рекомендации отправился ко двору другого знатного родственника, Антонио Манрике де Лары, герцога Нахеры и вице-короля Наварры. В 1518–1519 гг. в составе его свиты Игнатий Лойола участвовал в поездке короля Карла I (см. Карл V) по Арагону. К этому времени относятся свидетельства о его вооружённых конфликтах с другими дворянами, в том числе с неким галисийцем Франсиско де Ойей. Игнатий Лойола участвовал в подавлении восстания комунерос; по сообщению Хуана Альфонсо де Поланко, он присутствовал при взятии восставшей Нахеры, затем вёл переговоры в Гипускоа (1520–1521 гг.). После этого Игнатий Лойола был направлен в Памплону, которую готовилось осадить французско-наваррское войско. Принимал активное участие в обороне крепости и был тяжело ранен пушечным ядром в бедро (20 мая 1521 г.). Вскоре Памплона пала, и раненый Игнатий Лойола попал в плен к французам; ему оказали первую помощь и сделали несколько хирургических операций. Согласно «Автобиографии», затем его отправили на родину; не позднее 20 июня он прибыл в семейные владения. Ранение по-прежнему угрожало жизни Игнатия Лойолы, поэтому 24 июня он принял соборование, но после кризиса 28 июня его самочувствие стало улучшаться. Во время долгого и мучительного лечения Игнатий Лойола много читал: в «Автобиографии» он упоминает «Жизнь Христа» (скорее всего, как полагают исследователи, сочинение Людольфа Саксонского в испанском переводе Амбросио Монтесино) и «Жития святых на романском языке» (как полагают исследователи, «Золотая легенда» Иакова из Варацце в переводе цистерцианца Гауберто де Вагада). Эти книги ему принесли вместо рыцарских романов, которые он просил. Под влиянием прочитанного, особенно Житий католических святых Доминика и Франциска Ассизского, Игнатий Лойола переосмыслил свою жизнь и решил служить только Христу (осень 1521 г.). По свидетельству Гонсалвиша да Камары, в это время ему было видение Пресвятой Девы Марии с Младенцем. В феврале или начале марта 1522 г. Игнатий Лойола покинул дом, чтобы совершить паломничество в Иерусалим и начать новую жизнь, следуя примерам Христа и святых. По дороге в Барселону, откуда он должен был отплыть на Святую землю, он посетил санктуарий Нуэстра-Сеньора-де-Арансасу в Оньяте (исследователи полагают, что там он дал обет целомудрия) и, как полагают исследователи, встретился с Манрике да Ларой в Наваррете; затем, отпустив слуг, в одиночестве отправился в монастырь Монсеррат и прибыл туда 21 марта. После тщательной подготовки в канун праздника Благовещения (24 марта) он исповедался и переоделся в рубище, отдал свою дворянскую одежду нищим. По просьбе Игнатия Лойолы над ним совершили обряд, соответствующий посвящению в рыцари: омовение, благословение, вручение меча. Проведя ночь в молитве перед чудотворной статуей Богоматери, он отдал монахам меч и мула; утром 25 марта, пешком и без обуви, отправился вместо Барселоны в Манресу (причина отказа Игнатия Лойолы от паломничества в Иерусалим исследователям не вполне ясна).