Игнатий Лойола принадлежал к одному из древнейших дворянских родов баскской провинции Гипускоа (так называемой parientes mayores). Самые ранние документальные свидетельства о семействе Оньяс-и-Лойола относятся к XII–XIII вв. В XIV – начале XV вв. было построено укрепление Лойола, ставшее семейной резиденцией (ныне санктуарий Игнатия Лойолы в Аспейтии). Отец Игнатия Лойолы, Бельтран Яньес де Оньяс-и-Лойола (ум. в 1507 г.), участвовал во многих военных кампаниях королей Кастилии, в частности, в Гранадской войне (1481–1492 гг.). Мать Игнатия Лойолы, Марина (ум. до 1508 г.), принадлежала, как полагают исследователи, к знатному роду Бальда из Гипускоа. Их брак был заключён в 1467 г. в усадьбе Лойола. По сообщениям ранних биографов и материалам канонизационного процесса, Игнатий Лойола был младшим из 13 детей. Большинство его братьев (как и отец) поступили на военную службу: старший, Хуан Перес де Лойола, погиб во время боевых действий против французов в Неаполитанском королевстве; Мартин Гарсия де Оньяс-и-Лойола (1477–1538 гг.), впоследствии унаследовавший родовые владения, принимал активное участие в завоевании Наварры (с 1512 г.). На основании косвенных сведений в ранних биографиях (например, в «Мемориале» Гонсалвиша да Камары) и документах (например, ко времени составления нотариального акта 1505 г. Игнатию Лойоле было уже 14 полных лет) в качестве года рождения Игнатия Лойолы обычно указывают 1491-й. При рождении Игнатий Лойола получил имя Иньиго (баскское Энеко), как полагают исследователи, в честь святого Иньиго, аббата бенедиктинского монастыря Сан-Сальвадор-де-Онья, жившего в XI в. Во время обучения в Париже Иньиго Лойола стал называть себя Игнатием (самое раннее упоминание об этом относится к 1531 г.), хотя и впоследствии он иногда подписывался прежним именем. Педро де Рибаденейра объяснял, что имя Иньиго использовалось только в Кастилии и Наварре, тогда как имя Игнатий было широко известно во всех европейских странах. Исследователи полагают, что Игнатий Лойола получил начальное образование в родительском доме (высказывалось предположение, что уже в раннем возрасте он получил тонзуру). Около 1506 г. он покинул Гипускоа (как полагают исследователи, вскоре после смерти отца) и отправился к главному контадору (казначею) Кастилии Хуану Веласкесу де Куэльяру, чья жена Мария де Веласко была родственницей матери Игнатия Лойолы. Под покровительством этого могущественного магната Игнатий Лойола начал придворную карьеру (вопрос о том, занимал ли он должность пажа, остаётся спорным), сопровождал контадора, который путешествовал вместе с королём Фердинандом II между Вальядолидом, Медина-дель-Кампо, Тордесильясом, Сеговией и Мадридом. Игнатий Лойола получил придворное куртуазное образование (ссылаясь на его слова, Гонсалвиш да Камара утверждал, что он предавался «мирской суете» и впоследствии сожалел о «проказах юности»). Сохранился протокол судебного процесса (13 марта 1515 г.) по обвинению Игнатия Лойолы и его брата пресвитера Перо Лопеса де Лойолы в недостойном поведении на карнавале в Аспейтии.