Однако в июне 1929 г., выступая на втором съезде Союза воинствующих безбожников, А.В. Луначарский уже утверждал: «Тогда Владимир Ильич предостерегал нас от установки прямой атеистической пропаганды в школе... Но мы стали сильнее и в учебном персонале, и в смысле прочности власти рабочего класса… Мы стали сильней и в смысле того, что пошатнулась во многом или находится в периоде изменения, эволюции самая твердыня массовой религии. И вот поэтому сейчас больше чем пора (может быть, Наркомпрос виноват, что он упустил срок), сейчас нужно перейти в самое мощное антирелигиозное наступление в области школы». В том же докладе А.В. Луначарский говорил о трёх методах борьбы с религией: «Один из них, самый главный, – это борьба за социализм, борьба за преобразование бытия, от которого зависит сознание. Второй метод – это широкая пропагандистская работа и антирелигиозное воздействие на сознание. И третий, самый маловажный, но в некоторых случаях долженствующий быть пущенным в ход, – это путь административной силы». Говоря о допустимости борьбы с религией при помощи «правительственного администрирования... путём закрытия церквей, всякого рода запретов», А.В. Луначарский указывал на недостатки прямых силовых методов и на необходимость просветительской работы: «Когда в некоторых случаях слишком бестактно закрывали церкви, когда нерелигиозное меньшинство шло на религиозное большинство, тогда из этого ничего хорошего не выходило... С этой точки зрения, как вы видите, второй метод пропаганды и агитации чрезвычайно важен». 18 мая 1929 г. А.В. Луначарский был назначен членом Комиссии по проведению отделения церкви от государства при ЦК ВКП(б) (Антирелигиозная комиссия). Комиссия, ранее отвечавшая за всю религиозную политику в СССР, в тот период играла уже второстепенную роль и была упразднена в конце того же года. 12 сентября 1929 г. А.В. Луначарский был заменён на должности наркома просвещения Андреем Сергеевичем Бубновым, бывшим начальником Политуправления Красной Армии. Исследователи полагают, что одной из причин отставки А.В. Луначарского была его недостаточно жёсткая позиция в вопросах религиозной политики. В отчёте инспектора Главполитпросвета Ивана Пронина в ноябре того же года говорилось: «Состояние антирелигиозной работы в Наркомпросе, на мой взгляд, не отвечает задачам, поставленным партией и общественностью в области антирелигиозной пропаганды и воспитания» (Российский Центр хранения и изучения документов Новейшей истории). А.В. Луначарский был назначен председателем Учёного комитета при ЦИК СССР (1929–1933 гг.). 1 февраля 1930 г. избран академиком Академии Наук СССР. Занимал должности директора Института литературы, искусства и языка Коммунистической академии ЦИК СССР (1930–1933 гг.) и директора Института русской литературы (Пушкинский Дом) Академии Наук СССР (1931–1933 гг.). В сентябре 1933 г. получил назначение полномочным представителем (послом) СССР в Испании. По дороге к месту назначения заболел, проходил лечение в городе Ментона (Франция), где и скончался. Урна с прахом помещена в стене Московского Кремля.