7 декабря 1965 г., во время финального голосования по декларации «Dignitatis humanae» (2308 голосов за, против – 70) и пастырской конституции о церкви в современном мире «Gaudium et spes» (2307 голосов за, против – 75), Марсель Франсуа Лефевр голосовал против этих документов, однако на итоговых листах актов Собора поставил свою подпись, что впоследствии объяснял «моральным давлением папы»: «...Я не мог отделиться от папы: если папа подписал, я был морально обязан подписаться». Совмещая работу на Соборе с управлением конгрегацией Святого Духа, Марсель Франсуа Лефевр столкнулся с негативной оценкой своей соборной деятельности со стороны определённого числа членов конгрегации, особенно из французских провинций. Они были недовольны тем, что его личная «интегристская» позиция ассоциируется с конгрегацией, возглавляемой им в качестве генерального настоятеля. Особое недовольство вызывали предписания Лефевра по введению строгих правил внутреннего распорядка в монастырях и духовных школах конгрегации, а также требование обязательного ношения сутаны, а не так называемого клержимана – обычной мужской рубашки с особым «воротничком священника», которую в 1962 г. ассамблея французских епископов дозволила носить вместо сутаны французским клирикам. Жалобы на Марселя Франсуа Лефевра направлялись в Римскую курию, где Конгрегация по делам монашествующих рассмотрела их и представила папе Павлу VI доклад, однако папа одобрил действия Лефевра, подчеркнув, что члены конгрегации обязаны подчиняться во внутренних вопросах генеральному настоятелю. С 1966 г. Марсель Франсуа Лефевр стремился проводить реформы конгрегации Святого Духа в соответствии с принятым на Соборе декретом «Perfectae caritatis» об обновлении жизни монашествующих в современных условиях, для чего организовал комиссию по подготовке чрезвычайного капитула и рассмотрению предложений по поправкам в устав конгрегации. В то же время он рекомендовал воздерживаться от экспериментов при проведении литургической реформы, предписал сохранять в храмах конгрегации дарохранительницы со Святыми Дарами на главных алтарях, не перемещая их в другие части храма, запретил практику сослужения священников во время мессы, появившуюся в латинском обряде в ходе литургических преобразований, и указал на необходимость использовать современные языки вместо латыни только на будничных мессах. На открытии чрезвычайного капитула конгрегации Святого Духа в Риме 8 сентября 1968 г. большинство его участников высказалось за принятие не отдельных поправок, а новой редакции устава конгрегации, против чего категорически выступил Лефевр. Генеральный настоятель был отстранён от руководства капитулом, его заменил избранный участниками секретариат. Противостояние Марселя Франсуа Лефевра с «прогрессистами» на капитуле завершилось его отставкой с поста генерального настоятеля (28 октября 1968 г.). После выхода на пенсию в сане титулярного архиепископа Синнады Фригийской, а после 10 декабря 1970 г. в сане архиепископа-епископа Тюльского на покое Марсель Франсуа Лефевр поселился в папской Литовской коллегии в Риме, сохранив за собой лишь должность консультанта Конгрегации пропаганды веры.