Успешная деятельность Марселя Франсуа Лефевра была отмечена папой Пием XII, который привлёк его в качестве советника при подготовке энциклики «Fidei donum» от 21 апреля 1957 г., посвящённой католическим миссиям в Африке. В начале 1959 г. Марсель Франсуа Лефевр выразил желание оставить один из своих постов, и 22 июля 1959 г. папа Римский Иоанн XXIII освободил его от должности апостольского делегата Французской Африки, оставив правящим архиепископом Дакара. 15 ноября 1960 г. Иоанн XXIII сделал его ассистентом папского трона. Как представитель франкоязычных стран Западной Африки, Марсель Франсуа Лефевр был назначен в Центральную подготовительную комиссию второго Ватиканского Собора, созданную в соответствии с motu proprio «Superno Dei nutu» от 5 июня 1960 г. Во время сессий комиссии Марсель Франсуа Лефевр выступал с критикой отдельных проектов документов (схем), в том числе о реформе литургии (с точки зрения Лефевра, введение в богослужение народных языков вместо латыни разрушило бы символ единства в католической вере разных народов), об апостольстве мирян (архиепископ высказался против предоставления светским католическим организациям большей автономии от церковных властей), а также о религиозной свободе (в этом проекте документа Лефевр видел противоречие с социальным учением Римских пап со времён Пия IX, осуждавших принципы религиозного либерализма, свободы совести и светского государства). Уже на первой сессии комиссии 15 июня 1961 г. Марсель Франсуа Лефевр указал на недопустимость включения в состав подготовительных комиссий Собора в качестве консультантов тех теологов, чьи работы были подвергнуты церковной цензуре за несоответствие католическому вероучению, прежде всего, подразумевая доминиканца пресвитера Ива Конгара и иезуитов Анри де Любака и Карла Ранера. Лефевр одобрял начавшийся в тот период процесс деколонизации африканских стран и получение в 1960 г. Сенегалом независимости от Франции, однако выступил с критикой курса «африканского социализма», провозглашённого первым президентом Сенегала Леопольдом Седаром Сенгором. Поскольку Л.С. Сенгор был католиком, Лефевр указывал ему на противоречие между идеологией социализма и социальным учением католической церкви, а также на опасность выбора социалистического пути развития страны, которая может оказаться в сфере влияния СССР, что приведёт к распространению марксизма и атеизма. По неофициальной просьбе Л.С. Сенгора папа Иоанн XXIII принял решение об отзыве Лефевра из Сенегала. 23 января 1962 г. Лефевр был назначен на кафедру епископства Тюль (Франция) с сохранением личного титула архиепископа, 12 февраля отслужил прощальную мессу в Дакаре, 10 марта прибыл в Тюль, 26 июля на генеральном капитуле конгрегации Святого Духа был избран её новым генеральным настоятелем; 7 августа это решение было утверждено папой Иоанном XXIII, который в связи с избранием освободил Марселя Франсуа Лефевра от управления епископством Тюль и назначил его титулярным архиепископом Синнады Фригийской.