Изложенная в проекте догматической конституции «О Церкви» и в проекте «О епископах» идея коллегиальности епископата предполагала, что наряду с папой Римским носителем верховной и полной власти в католической церкви является коллегия епископов, которая вместе с Римским епископом участвует в деле учительства и управления всей церковью. С точки зрения Марселя Франсуа Лефевра и группы, это противоречило принятому на первом Ватиканском Соборе учению о примате Римского епископа, его личной верховной и абсолютной власти в католической церкви. В течение третьей сессии Собора группа использовала различные способы противодействия принятию схемы «О Церкви», в том числе направила в соборную комиссию по разработке схемы свыше 500 замечаний по тексту. Лефевр вошёл в состав группы из 35 кардиналов и пяти епископов, которая под руководством кардинала Аркадио Мария Ларраоны Саралеги составила и 18 октября 1964 г. отправила папе Павлу VI письмо, где указала на опасность учения о коллегиальности епископата, поскольку оно изменяет структуру католической церкви, которая «из монархической становится епископальной и коллегиальной» и позволяет «говорить о Римском епископе как о первом среди равных (primus inter pares) по отношению к другим епископам». Тем не менее, 12 ноября схема «О Церкви» без существенных изменений была принята соборным большинством, однако папа Павел VI был вынужден согласиться с необходимостью разъяснения спорных мест догматической конституции, поручив кардиналу Альфредо Оттавиани оформить их в виде оглашённого на соборном заседании 16 ноября приложения к конституции «Lumen gentium» – «Предварительного пояснительного примечания» («Nota explicativa praevia»). В получившем поддержку Лефевра и группы «Примечании» указывалось, что коллегиальность следует понимать не в юридическом смысле, но в смысле сотрудничества и помощи, оказываемой коллегией епископов Римскому понтифику, чья верховная власть в католической церкви безусловно сохранялась. Говоря о развитии католического экуменизма, Марсель Франсуа Лефевр указал на расхождение положения схемы «Об экуменизме», где было отмечено, что Святой Дух не отказывается использовать некатолические церкви и общины как спасительные средства, с традиционным католическим учением о том, что только католическая церковь, как единственная истинная, является средством спасения. Отстаивая римский централизм, т.е. систему централизованного управления католической церковью посредством Римской курии, Марсель Франсуа Лефевр критиковал положения схемы «О епископах», расширявшие автономию и полномочия епископских конференций и закреплявшие за их решениями обязательную каноническую, а не только пастырскую силу, что, с его точки зрения, приводило к ослаблению власти правящего епископа в его диоцезе. Основными объектами критики Лефевр в соборных выступлениях и в рамках деятельности «Coetus» были проекты декларации «О религиозной свободе» и пастырской конституции «О Церкви в современном мире».