Однако Леонтий Византийский не был осуждён и позднее даже имел влияние при дворе императора Юстиниана I Великого, сблизившись с казначеем Святой Софии Евсевием. Вместе они участвовали в собеседовании с монофизитами в 532 г. Благодаря рекомендациям Евсевия в 536 г. соратники Леонтия Византийского Домициан и Феодор Аскида заняли епископские кафедры Анкиры и Кесарии Каппадокийской. В этом же году Леонтий Византийский участвовал в Константинопольском соборе. В сентябре 537 г. Леонтий Византийский вновь подвизался в Палестине: Кирилл Скифопольский упоминает его в связи с принятием в Новую лавру сорока оригенистов, изгнанных из Великой лавры игуменом Геласием. Этот случай стал поводом для начала «монашеской войны», в которой Леонтий Византийский выступил как один из предводителей оригенистской партии. Леонтий Византийский собрал монахов всех окрестных монастырей (за исключением обители преподобного Феодосия Великого, где был игуменом Софроний Армянский, не позволивший своим монахам участвовать в беспорядках) и устроил поход на Великую лавру, чтобы «сровнять её с землёй». Наступавших остановил опустившийся на землю густой туман, в котором они заблудились и долго не могли найти дорогу, пока не оказались близ вифлеемского монастыря преподобного Маркиана, за несколько километров от Великой лавры. Около 540 г. в Палестину прибыл друг Леонтия Византийского Евсевий, возвращавшийся с Собора в Газе. Ничего не зная о «ереси», но поддавшись уговорам друга, он поставил Геласия перед выбором: либо вернуть оригенистов в Великую лавру, либо изгнать из неё наиболее активных антиоригенистов. Геласий выбрал второе и выдворил из обители «Стефана, Тимофея и иных четырёх братьев», которые отправились в Антиохию, чтобы рассказать Антиохийскому патриарху Ефрему о ереси Оригена и тех беспорядках, которые творят оригенисты в окрестностях Иерусалима. Патриарх под впечатлением от рассказа анафематствовал оригенистов. В ответ сторонники Нонна исключили патриарха Ефрема из диптихов. В это время Леонтий Византийский вновь был в Константинополе. В 543 г., когда был издан эдикт императора Юстиниана I Великого против оригенистов, Леонтия Византийского, по свидетельству Кирилла Скифопольского, уже не было в живых.