Другим важным органом женевской республики стала консистория, или коллегия старейшин. Её членами были шесть городских проповедников и двенадцать мирян, избираемых из числа членов Совета. Цель консистории состояла в том, чтобы «надзирать за жизнью каждого члена общины», преследуя богохульство, идолопоклонство, безнравственность и всё то, что противоречило учению Реформации. По сути, она представляла собой нечто среднее между инквизиционным трибуналом и судебной инстанцией. Первоначально с церковным переустройством Кальвин занимался гражданскими реформами. К 1543 г. возглавляемая им комиссия навела строгий порядок в государственном управлении: были определены рамки для деятельности различных государственных органов, в ясных и точных выражениях обозначены обязанности должностных лиц. В данных вопросах Кальвин не допускал никаких мелочей, лично написав подробные инструкции для смотрителей за постройками, для пожарной команды и даже правила для ночных сторожей. На всех его учреждениях лежала печать неумолимой законности и педантичного порядка, которые составляли основу его характера. Через несколько лет управления Кальвина никто бы не узнал в преобразованной Женеве прежнего свободного, оживлённого города: повсюду утвердились строгая религиозность, порядок и дисциплина. Кальвин считал, что человек по своей природе склонен ко злу и возмущению, поэтому над ним должна всегда тяготеть сдерживающая узда. Власть, истинно угодная Богу, должна быть непременно строга – ей чужды сострадание, милосердие и другие человеческие слабости. Этой мыслью были проникнуты и все его преобразования. Кальвин просмотрел женевское законодательство и значительно изменил его в сторону ужесточения. За многие правонарушения, к которым прежде относились достаточно снисходительно, теперь была введена смертная казнь (богохульнику; сыну, ударившему отца; нарушителям супружеской верности и т.п.). Сквернословие каралось тюремным заключением. Постепенно вся городская власть концентрируется в малом Совете, на который Кальвин имел неограниченное влияние. Введя строгую дисциплину нравов, он требовал, чтобы светские власти подчинялись предписаниям церкви. Был упразднён католический культ, запрещены развлечения, танцы, украшения, яркие одежды, громкий смех, были введены ограничения в еде, посещение церкви стало строго обязательным, была установлена жёсткая пасторская опека над населением. Жан Кальвин, несмотря на идею об угодности Богу зажиточного человека, не считал достойным подчёркивать свою зажиточность; это требование он распространил и на всю паству. Постепенно в Женеве не осталось ни одного театра, зеркала разбивались за ненужностью, изящные причёски подвергались всеобщей обструкции. Почитание икон и креста было запрещено, христианские таинства были отменены, за исключением крещения и причастия, которые стали рассматриваться как символические обряды. Удешевление культа и демократизация церковной организации, формирующейся снизу вверх как союз независимых самоуправляющихся общин, выборность пасторов и пресвитеров-мирян сочетались у Кальвина со всё большей нетерпимостью к инакомыслию, переросшей в диктат. Широко применялась смертная казнь (только в 1546 г. в Женеве было принято 58 смертных приговоров и 76 декретов об изгнании из города). Под действие суровых законов попадали не только граждане Женевы, но и приезжие. Самым известным актом расправы над неугодными считается казнь антитринитария, естествоиспытателя и врача Мигеля Сервета (1511–1553 гг.). В 1555 г. были разгромлены последние противники Кальвина – либертины. Он был совершенно лишён чувствительности к красотам природы, к поэзии и искусству. На землю Кальвин смотрел как на юдоль плача и скорби, а на земную жизнь – как на подготовительную ступень к загробной жизни, и этот дух аскетизма он вскоре привил женевцам. Борясь с неумеренной роскошью своей паствы, он разработал подробную регламентацию малейших деталей быта: были строго определены цвет и фасон костюмов, качество материи, характер причёсок и даже максимальное число блюд на пирах. Все трактиры были закрыты. Никто не смел пребывать в праздности. Малейшее отступление от этих норм каралось штрафами и тюремным заключением. За время жизни Кальвина в Женеве в городе постепенно установился режим, напоминавший теократическую диктатуру (его так и называли – «Женевский папа»).