Опасаясь беспорядков, Совет Женевы 21 сентября 1540 г. принимает решение просить Кальвина вернуться, пишет ему несколько писем, посылает делегатов, но тот отвечал послам в довольно неопределённых выражениях, давая, тем не менее, понять, что его не устраивают полномочия простого проповедника: если он вернётся в Женеву, то в единственной роли – восстановителя разрушенной церкви. Горожане согласились на это условие, и летом 1541 г. Кальвин принимает решение вернуться в Женеву, но медлит с приездом, ссылаясь на разные дела (он возвращается в город 13 сентября). Его возвращение напоминало триумфальное шествие: навстречу ему был выслан герольд, весь народ высыпал на улицы и приветствовал его восторженными криками, городской Совет высказал ему подобострастное внимание. Кальвин вернулся настоящим победителем. На первом же заседании Совета, после извинения за долгое промедление, он предложил без отлагательств приступить к наведению порядка в церкви. В тот же день была назначена комиссия из шести членов Совета, которая должна была помогать Кальвину в выработке нового церковного устава. В конце ноября этот проект был уже принят Советом и утверждён Генеральным собранием граждан. Там были указаны общие черты будущего церковного и гражданского устройства республики. Его «Церковные ордонансы» стали на два столетия настоящим сводом законов Женевы. Жан Кальвин представил проект устава церкви, утверждённый Генеральным собранием граждан, который предусматривал избрание двенадцати старейшин, обязанных надзирать за жизнью членов общины. В их руках концентрировалась судебная и контролирующая власть, а всё государственное устройство Женевы получило строгий религиозный характер. Кальвин разделил людей, призванных к заведованию церковными делами, на четыре категории: проповедников (пасторов), учителей, старейшин и диаконов. Первенствующая роль среди них принадлежала пасторам. Кальвин писал: «Проповедники – это слуги божественного слова; они должны учить, увещевать народ, раздавать причастие и вместе со старейшинами налагать церковные наказания». Всякий кандидат на это звание подвергался испытанию в конгрегации (коллегии) проповедников. Если результат испытания оказывался удовлетворительным, то на кандидата, по апостольскому обычаю, возлагали руки, и он считался избранным. После этого проповедник представлялся Совету, который имел право отвергать выбор духовенства. Если Совет не возражал, то об избрании нового проповедника возвещалось во всех церквах. Любой гражданин, имевший для этого серьёзные основания, мог также сделать свои возражения. Однако когда проповедник окончательно утверждался в своей должности, сместить его можно было только за уголовное преступление или ересь. Обязанности проповедника не ограничивались только проповедью, а распространялись на всю религиозно-нравственную жизнь общины. Увещеваниями, предостережениями и наставлениями он должен был содействовать прославлению Бога и воспитанию богобоязненного поколения. Роль церкви в жизни города была чрезвычайно велика. Конгрегации проповедников, собиравшиеся в каждую неделю под руководством самого Кальвина, обсуждали не только богословские, но и политические вопросы. Вскоре их значение сравнялось со значением Совета.