В основе его теологической системы лежит безусловный авторитет Священного Писания. Обратившись к Ветхому Завету, он считал, что Библия является единственным источником истины. По мнению Кальвина, Бог раз и навсегда выразил Свою волю в библейских книгах, и вся жизнь человечества (не только религиозная и нравственная, но и политическая и церковная) должна быть строго согласована с буквой этого закона. Церковная традиция для него – пустой звук. Отцы церкви имеют значение лишь в той степени, в какой их учение соответствует прямому смыслу Священного Писания. Христианство в его учении становится, таким образом, «религией книги», неизменной и неподвижной, как иудаизм, раз и навсегда заключённой в тесные рамки Священного Писания. Кальвин последовательно развивал учение об абсолютном предопределении, согласно которому все люди уже заранее, в соответствии с Божественной волей, разделены на две группы: избранных, которые спасутся, и всех остальных, обречённых на гибель. Положение об оправдании верой, об абсолютной невозможности для человека собственными усилиями добиться спасения занимает у него также выдающееся место (это – центральный пункт и догматики Лютера). Кальвин считал, что никакие усилия человека (его поступки, вера и т.п.) не могут изменить эту ситуацию. Точного знания того, к какой группе принадлежит тот или иной человек, он не имеет, поэтому его посмертная судьба остаётся тайной. При этом каждый человек должен быть уверен, что именно он является избранником Бога. Согласно Кальвину, успех в профессиональной, трудовой деятельности, есть признак богоизбранности, поскольку профессиональная деятельность рассматривается им в качестве служения Богу, а успех в делах становится самоценностью. Не заботясь специально о спасении души, человек, тем не менее, должен следовать ряду этических принципов, среди которых главное место Кальвин отводил мирскому аскетизму, сводящемуся к бережливости, практичности, стремлению достичь успеха в делах, много трудиться и иметь богатство, наличие которого также оценивалось им как Божественный дар. Если Лютер начал протестантскую Реформацию по принципу «убрать из церкви всё, что явно противоречит Библии», то Жан Кальвин пошёл дальше – убрал из церкви всё, что Библии не требуется. Это положение возникло как протест против католического учения о добрых делах, под которыми разумели почти исключительно дела внешнего благочестия. Лютер ополчился против крайностей этой теории, которая привела к торговле индульгенциями. Он доказывал, что добрых дел недостаточно, что спасти человека может только вера в искупительный подвиг Христа. Но в то же время он полагал, что вера не является для человека предметом свободного выбора и приходит к нему только вследствие Божьей благодати (в католической традиции под благодатью понималась посылаемая людям свыше помощь Бога, даруемая независимо от человеческих заслуг). Это учение, заимствованное им из сочинений виднейшего представителя западной патристики Августина Блаженного (354–430 гг.), которое уже заключало в себе зачатки предопределения, германский реформатор постарался всё-таки примирить со свободной волей человека. Жан Кальвин пошёл дальше. С его точки зрения, от человека не зависит, принять дар благодати или противиться ему, т.к. это совершается помимо его воли. Вероятно, из посылок Мартина Лютера он сделал вывод, что раз одни принимают веру и обретают её в своей душе, а другие оказываются не имеющими веры, то из этого следует, что одни от века предопределены Богом к погибели, а другие от века Богом же предопределены к спасению. Предопределение, по этому учению, совершается на Божьем Совете, на путях Промысла Божьего вне зависимости от волеизъявления человека, его образа мыслей и жизни. С беспощадной логикой Кальвин доказал, что если вера есть лишь действие благодати, если человек сам, без божественной помощи, не может спастись, то из этого следует, что как спасение, так и его неспасение зависят исключительно от божественной воли, что свободы воли нет и не может быть, что допускать это – значит ставить Бога в зависимость от человека. Он считал, что человек существует лишь для прославления величия Бога, Который одних (для возвеличения Своего милосердия) предопределяет к спасению, других (для возвеличения Своей справедливости) – к проклятию.