Феодорит Кирский причислял Климента Александрийского к «древним учителям Церкви», боровшимся с еретиками, и называл его «священным мужем, превзошедшим всех многоопытностью». В начавшихся ещё при жизни Оригена в III в. и продлившихся до окончательного осуждения оригенизма в VI в. дискуссиях по вопросу о православности оригеновского богословия сочинения Климента Александрийского не использовались ни сторонниками Оригена, ни его противниками; хотя в сочинениях церковных историков сообщалось, что Климент Александрийский был учителем Оригена и его предшественником в Александрийской школе, связанных с этим негативных оценок учения Климента Александрийского никто из церковных писателей этого периода не давал. По мнению исследователей, сочинения Климента Александрийского были известны одному из ведущих представителей оригенизма, Евагрию Понтийскому; хотя он ни разу прямо не цитировал Климента Александрийского, исследователи обнаруживают в его аскетическом учении смысловые и понятийные параллели с учением Климента Александрийского о христианском гносисе. После V в. упоминания Климента Александрийского за пределами исторических сочинений становятся очень редкими. Максим Исповедник, приводя цитаты из сочинения «О Промысле» и называя его автором Климента Александрийского, сопровождал упоминания его имени хвалебными эпитетами: «святейший и блаженнейший», «поистине философ философов», «великий автор Стромат» (Максиму Исповеднику был известен также текст «Очерков», однако он цитировал его лишь один раз). В сочинении «Амбигвы к Фоме» Максим Исповедник с одобрением сообщает о том, что, по мнению неких «последователей Пантена», логосы всего сущего – это «божественные воления», через которые Бог творит и познаёт всё сотворённое; поскольку ни о каких последователях Пантена кроме Климента Александрийского сведений нет, исследователи полагают, что это мнение Максим Исповедник мог заимствовать из «Очерков» Климента Александрийского или другого его несохранившегося сочинения. На сочинение «О Промысле» ссылался с атрибуцией Клименту Александрийскому и Анастасий Синаит; он называл Климента Александрийского «великим» и «священным», ставя его в один ряд с другими древними церковными писателями, однако приводимые им цитаты, нередко не известного исследователям происхождения, имеют случайный характер и не могут свидетельствовать о серьёзном влиянии на него сочинений Климента Александрийского. Иоанн Дамаскин включил значительное число отрывков из сочинений Климента Александрийского в сборник «Священные параллели». Исследователи обращают внимание на то, что при именах цитируемых в сборнике почитаемых православной церковью святых почти всегда даётся титул «святой» или «блаженный», тогда как прочие церковные писатели упоминаются лишь по имени; Климент Александрийский входит во вторую группу и ни разу не упоминается с титулами; однако при цитировании в сочинении «О двух волях во Христе» Иоанн Дамаскин называл Климента Александрийского «блаженным». О том, что даже после завершения оригенистских споров и осуждения Оригена православной церковью Климент Александрийский не считался единомышленником Оригена, свидетельствует «Церковная история» Георгия Синкелла, созданная на рубеже VIII–IX вв.