После Климента Александрийского не осталось выдающихся учеников и сложившейся богословской школы; по мнению исследователей, отчасти это объясняется тем, что его учительная деятельность в Александрии прервалась по причине гонений, и последний период жизни он провёл вдали от центров культурной и религиозной жизни Римской империи, помогая в повседневных церковных трудах своему ученику Иерусалимскому епископу Александру. Сведений о каких-либо других учениках Климента Александрийского не сохранилось; Ориген, встречавшийся, по мнению исследователей, в юные годы с Климентом Александрийским в Александрии, не считал и не называл себя его учеником. Преемство Оригена по отношению к Клименту Александрийскому заключается, по мнению исследователей, не в непосредственном заимствовании у него конкретных богословских идей, а в рецепции представления о задачах и методах христианского богословия, сложившегося в Александрии благодаря трудам Пантена и Климента Александрийского. Сформулированное Климентом Александрийским в виде теоретического идеала учение о том, что одной из важнейших задач христианского богослова (или «гностика») должно быть исследование и духовное истолкование Священного Писания с использованием широкого круга вспомогательных наук, стало у Оригена богословской практикой и развилось в особую форму духовно-умозрительной аллегорической экзегезы, характерной для многих последующих представителей Александрийской богословской школы. В III–V вв. сочинения Климента Александрийского были известны многим восточным отцам церкви и церковным писателям, которые видели в нём выдающегося христианского богослова, сумевшего использовать достижения языческой философии для подтверждения истинности христианской веры. Однако, по справедливому замечанию Меа, уже в это время Климента Александрийского «больше восхваляли, чем читали»; его сочинения были распространены, однако в силу их специфики использовались, в основном, теми церковными писателями, которые вели полемику с язычниками и еретиками. Наибольшее влияние Климента Александрийского из богословов этого периода испытал епископ Евсевий Кесарийский, который в «Церковной истории» называл Климента Александрийского и его современника Иринея Лионского «старейшинами церковного православия». Епископ Евсевий Кесарийский неоднократно приводил взятые из сочинений Климента Александрийского предания об апостолах в «Церковной истории» и включил в неё повествование о самом Клименте Александрийском и его произведениях. В сочинении «Евангельское приготовление» епископ Евсевий Кесарийский пользовался аргументами и иллюстрациями Климента Александрийского при обсуждении языческой религии и античной философии (Климент Александрийский упоминался им с эпитетом «дивный»). Хвалебную оценку Климента Александрийского давал Кипрский епископ Епифаний, положительно оценивавший его полемику с еретическим гностицизмом валентиниан. Александрийский архиепископ Кирилл трижды ссылался на «Строматы» Климента Александрийского в сочинении «Против Юлиана», отзываясь с похвалой о его исключительной образованности.