Первый общий индекс появился но приказанию Павла IV под названием «Index auctorum et librorum qui tanquam haeretici, aut suspecti, aut perniciosi ab Officio S. Romanae Inquisitionis reprobantur, et in universa Christiana republica interdicuntur» (1557 г.), но был признан неполным. Вскоре появилось новое издание: «Index auctorum et librorum qui ab Officio S. R. et U. Inquisitionis caveri ab omnibus et singulis in universa Christiana republica mandantur» (1659 г.). Это был индекс чрезвычайно суровый: осуждал все анонимные сочинения, появившиеся с 1519 г., и дал список 62 издателей, книги кооторых должны считаться подозрительными. Для его смягчения появилось «Moderatio Indicis librorum prohibitorum» (24 июня 1561 г.) под редакцией кардинала Михаила Гислиери, впоследствии Пия V. Из индекса были изъяты книги издателей, считавшихся подозреваемыми. В 1562 г. Тридентский собор по распоряжению Пия IV назначил особую комиссию из 18 членов для составления нового индекса и выработки правил относительно запрещения вредных книг. После окончания её работ Пий IV 24 марта 1564 г. издал бреве «Dominici gregis», которым был опубликован новый индекс запрещённых книг, вместе с правилами, в десяти главах, для епископов, инквизиторов и издателей относительно печатания книг. До того времени запрещением книг заведовала инквизиция. Но Пий V, считая её чрезмерно обременённой работой, учредил в 1571 г. священную конгрегацию индекса для реформы «Индекса запрещённых книг» и для исправления представляемых для печати книг. Григорий XIII (1572–1585 гг.) своей конституцией «It pestiferum» (13 сентября 1572 г.), Сикст V буллой «Immensa» (1588 г.), Климент VIII (1592–1605 гг.) бреве «Sacrosanctum catholicae» (17 октября 1595 г.) и Александр VІІ (1655–1667 гг.) бреве «Speculators» (5 марта 1664 г.) внесли некоторые изменения в устройство конгрегации индекса. 9 июля 1753 г. Бенедикт ХIV (1740–1758 г.), по настоянию кардинала Квирини, издал конституцию «Sollicita ас provida» и установил правила для рассмотрения и осуждения книг католических авторов. Пий IX в своей энциклике 2 июня 1848 г. свёл задачу конгрегации индекса только к рассмотрению произведений, касающихся веры и нравственности. Ватиканскому собору также предстояло заняться пересмотром и общей реформой правил индекса, но взятие Рима в 1870 г. помешало ему продолжать свои работы. Эта реформа была произведена при Льве ХIII, который 25 января 1897 г. издал конституцию «Officiorumac munerum», которой упразднялись все предшествовавшие папские постановления относительно индекса, за исключением конституции «Sollicita» Бенедикта XIV. Пий Х оставил конституцию своего предшественника почти без изменений. Конгрегация индекса состоит из нескольких кардиналов, с префектом во главе, имеет одного постоянного ассистента (assistens perpetuus), каковым по должности является магистр папского дворца (Magister Sacri Palatii Apostolici; это звание всегда даётся доминиканцу). Доминиканец же состоит и секретарём конгрегации. Кроме того в её состав входят 24 советника, с епископами в их числе, архивариус, нотариус, докладчики. Конституция Льва ХIII состоит из двух частей.