Первой правильно учреждённой конгрегацией была конгрегация инквизиции («святой оффиции»), основанная Павлом VII (1534–1549 гг.). Сикст V (1585–1590 гг.) буллой «Immensa» учредил пятнадцать конгрегаций, назначив для каждой из них префекта из кардиналов и сохранив за собой окончательное решение наиболее важных дел. При Бенедикте ХIV (1740–1758 гг.) последовала реформа этих конгрегаций; другая, более серьёзная была при Пие X, который своей буллой «Sapienti consilio» (29 июня 1908 г.) совершенно реорганизовал Римскую курию и попытался устранить проникшие в римские конгрегации злоупотребления. 29 сентября 1908 г. папа Пий X издал апостолическую конституцию для Римской курии «Constitute apostolica de romana curia». Целью этой реформы было, прежде всего, более точное определение полномочий и обязанностей различных римских конгрегаций. Одни конгрегации (например, пропаганды) были обременены работой, другие (например, конгрегация мощей) могли пользоваться своей властью лишь в редких случаях. Поэтому реформа была необходима. Кроме того Пий X хотел своей конституцией уменьшить число чиновников в конгрегациях, для облегчения бюджета Ватикана, и исключить светский элемент, царивший в некоторых конгрегациях. По конституции «Sapienti consilio», число римских конгрегаций уменьшено до 11, а именно: 1) инквизиции, 2) консисториальная, 3) таинств, 4) Собора, 5) по делам монашествующих, 6) пропаганды; 7) индекса, 8) обрядов, 9) церемониальная, 10) чрезвычайных церковных дел и 11) учебная. В качестве организованной Конгрегация инквизиции (del Sant-Ufficio) была учреждена Павлом III, который издал для неё конституцию «Licet ab initio» 21 июля 1542 г. Её целью было подавление ересей и предохранение от них верующих. Уже Иннокентий III (1198–1216 гг.) учредил трибунал инквизиции для преследования альбигойцев во Франции, а Иннокентий IV (1243–1254 гг.) с 1251 г. вверил его доминиканцам. Павел IV организовал инквизицию в её настоящем виде. Пий IV, Пий V и Сикст V осыпали её привилегиями. Сикст V предоставил ей первое место среди римских конгрегаций, а Бенедикт XIV (1740–1758 гг.) назвал её Святой Римской и вселенской инквизицией. По конституции Пия X она не является главной и не занимает первого места среди других конгрегаций, которые все равны между собой. При Павле III она состояла из шести кардиналов. Её префектом сначала был кардинал, а затем эта префектура была оставлена за папой. Старший из кардиналов, входящих в состав этой конгрегации, называется секретарём. Главнейшими членами являются асессор, дающий отчёт обо всех, подлежащих обсуждению в конгрегации делах; папа принимает его по четвергам и выслушивает доклад о рассмотренных кардиналами делах и об их решении комиссар, которым всегда бывает монах-доминиканец; ему помогают вице-комиссар и два товарища (socii), также доминиканцы Ломбардийской провинции, согласно особой, дарованной Пием V, привилегии. Советников около 20; они избираются обычно из монахов. Генерал Доминиканского ордена и магистр папского дворца (Magister palatii apostolici) по должности являются советниками этой конгрегации. Такой же привилегией, предоставленной Сикстом V, пользуется и один из францисканских монахов. К советникам нужно прибавить ещё квалификаторов или цензоров, обязанных указывать, к какой категории должны быть отнесены осуждаемые инквизицией учения, т.е. являются ли они еретическими, безрассудными, ошибочными или подозрительными.