В публикации «Границы веротерпимости» (1905 г.) М.Е. Красножен приводит многочисленные примеры веротерпимости русских к инославным в исторической перспективе. При этом он убеждён в том, что «принцип христианской терпимости отнюдь не требует равного отношения государства ко всем признанным и терпимым им обществам». Религиозная вера, будучи личным делом каждого человека, вместе с тем сильно влияет на общее мировоззрение человека, на его общественную и индивидуальную деятельность, поэтому государство не может относиться безразлично к вероучениям, не только к тем, которые очевидным образом несовместимы с принятой моралью (скопчество, мормонство), но и к тем, чьи убеждения «идут вразрез с охраняемыми государством принципами морального и общественного порядка». «Принцип справедливости не есть принцип абсолютного равенства. Христианская терпимость не есть равнодушие к своей истине и к чужим религиозным заблуждениям». Индифферентизм, по мнению М.Е. Красножена, это самая опасная форма враждебности религии. В публикации «Новейшее законодательство по делам Православной Русской Церкви» (1909 г.) М.Е. Красножен обращал внимание читателей на продолжавшееся законотворчество государства, в частности, на новые законы о браке и разводе, об укреплении начал веротерпимости, о порядке открытия новых самостоятельных приходов и общин старообрядцев и сектантов, о положениях, выработанных Предсоборным присутствием, и о составе «предстоящего чрезвычайного Собора Русской Церкви». Ряд публикаций М.Е. Красножена посвящён актуальным вопросам брачного права. Он следил за изменениями в российском брачном законодательстве, его привлекали в качестве консультанта при написании новых законов. В соответствии с его замечаниями были внесены изменения в статьи 411, 416, 418, 518 Уголовного уложения, Высочайше утверждённого 22 марта 1903 г., касающиеся заключения брака между родственниками, кровосмешения и прелюбодеяния. Выступая по актуальным вопросам канонического законодательства, М.Е. Красножен, по мнению исследователей, часто не вполне отчётливо формулировал свою позицию и не всегда указывал на пути решения рассматриваемых проблем. Так, например, подчёркивая «неудовлетворительность бракоразводного института в России» и «необходимость реформ в этой области», он в качестве выхода видел лишь обращение к древнерусской практике. По мнению М.Е. Красножена, задача составителей нового Уголовного уложения – выработать общее брачное законодательство для лиц всех вероисповеданий, даже для нехристиан, – неосуществима. Однако «ради этой неосуществимой задачи составителям проекта пришлось посягнуть на вековую, сохранившуюся и в ныне действующем Уложении, гармонию между законодательством церковным и светским. Разделение задач церкви и государства по западному образцу, к которому склонялся автор проекта нового Уголовного уложения в области брака профессор Санкт-Петербургского университета Иван Яковлевич Фойницкий в статье «Церковь и брачное законодательство», представляется М.Е. Красножену неприемлемым. Составители проекта нового Уголовного уложения, по его мнению, не обратили внимания на необходимость согласования церковного и государственного законодательства. Считая прелюбодеяние серьёзным преступлением, М.Е. Красножен ссылается на историческую практику наказаний за нарушение супружеской верности и полагает смехотворным наказание за посягательство на семейные права по проекту нового уложения, т.к. оно «не может удовлетворить обиженного, никого не устрашает и никого не исправляет».