М.Е. Красножен отличался активной публикаторской деятельностью и неоднократно переиздавал свои работы в различных вариантах. Изначально большинство его трудов были опубликованы в сборниках Учёно-литературного общества, а также «Учёных записках» Юрьевского университета. Его статьи выходили также в журналах «Живописная Россия», «Русский вестник», «Русь» и «Рижский вестник». М.Е. Красножен сотрудничал и с Православной богословской энциклопедией. Важнейшими научными трудами М.Е. Красножена стали его диссертации. Сочинение «Толкователи канонического кодекса в Восточной Церкви: Аристин, Зонара и Вальсамон» (1892 г.), значительно дополненное и исправленное, было переиздано дважды в 1911 г. и стало одним из первых на данную тему. Как пишет автор, «обширные по объёму труды толкователей канонического кодекса греческой церкви Аристина, Зонары и Вальсамона заслуживают серьёзного внимания и изучения не только вследствие богатства и разнообразия их содержания, но также и вследствие их значения для греческой и для нашей русской церкви... Поставивши себе главною задачею дать… характеристику толкований названных канонистов, мы старались также… разрешить некоторые темные и спорные в канонической литературе вопросы...». Указывая, что «эпоха императора Юстиниана, ознаменовавшаяся грандиозной работой по кодификации римского гражданского права, была вместе с тем эпохой появления в Восточной церкви систематических сборников церковного права», М.Е. Красножен характеризует канонические сборники, возникшие со времени императора Юстиниана I (ум. в 565 г.) до разделения церквей, как церковного, так и светского происхождения, особенно подробно – «Свод церковных правил» антиохийского пресвитера (впоследствии патриарха) Иоанна III Схоластика (ум. в 577 г.), Номоканоны, соединившие церковные каноны и светские законы, Синопсисы церковных правил и историю их формирования. Затем останавливается на обстоятельствах, вызвавших появление толкований канонического кодекса, и на трудах каждого из толкователей ХII в.: Алексия Аристина, монаха Иоанна Зонары и патриарха Феодора IV Вальсамона. М.Е. Красножен приводит очерки биографий толкователей и историю переводов и изданий их сочинений на Западе и в России. М.Е. Красножен рассматривает также хронологическую последовательность создания толкований: по его мнению, Аристин жил и работал ранее или одновременно с Иоанном Зонарой. Комментарий Аристина на Синопсис М.Е. Красножен характеризует как ясный, лаконичный, строго догматический и склонный к буквализму. О комментарии Иоанна Зонары пишет, что он отличается ясностью изложения и простотой языка: Иоанн Зонара объясняет малопонятные юридические термины, старается примирить видимые противоречия в канонах разного происхождения с помощью общих религиозно-нравственных принципов, «извлечь из объясняемых источников общие догматические положения и показать, как они должны быть применяемы к современной практике». Толкования и определения Феодора Вальсамона, «не только выдающегося знатока церковного и светского права, но и замечательного юриста-мыслителя», в ряде спорных случаев М.Е. Красножен считал более точными, чем толкования Иоанна Зонары.