Так, в комментариях к толкованию Синтагмы церковных правил он отдаёт предпочтение Феодору Вальсамону. Особое внимание М.Е. Красножен уделяет комментарию Феодора Вальсамона на Номоканон патриарха Фотия I: «Вальсамон, поставивши себе задачей представить свод действующего гражданского законодательства по делам Церкви в XII в., дополнил Юстинианово законодательство, заключающееся в Номоканоне, новеллами позднейших византийских императоров, начиная со Льва Философа и кончая Исааком Ангелом, а также патриаршими или синодальными постановлениями». Однако М.Е. Красножен замечает, что форма обращения Феодора Вальсамона к читателю в «повелительном наклонении» не очень удачна, а его толкования не столь ясны и более отрывочны, чем у Иоанна Зонары. В рецензии на диссертацию М.Е. Красножена Павел Владимирович Безобразов указывает, что наибольший интерес в сочинении представляют разделы о древних схолиях и Синопсисе церковных правил, истории его образования. Синопсис, по мнению М.Е. Красножена, уже существовал во времена, близкие к Иоанну Схоластику (т.е. во второй половине VI в.). А.С. Павлов и П.В. Безобразов отмечали, что труд М.Е. Красножена отличается описательным, а не критическим характером. «Он относится к толкователям с чисто внешней стороны, не вникая в смысл их толкований» (в целом же П.В. Безобразов счёл данную монографию «ценным подарком»). Выборкой на ту же тему является публикация М.Е. Красножена «История образования канонического кодекса греческой Церкви от начала его возникновения до эпохи введения на Руси христианства» (1909 г.), в приложении к которой помещены текст одного из синопсисов, хранящегося в Венской придворной библиотеке, и схолии из рукописи Мюнхенской королевской библиотеки. Всю жизнь М.Е. Красножен интересовался вопросами межхристианского диалога. В книге «Происхождение старокатоличества и IV интернациональный старокатолический конгресс в Вене» (1898 г.) он не только отразил деятельность конгресса, но и кратко рассмотрел историю разделения церквей, акцентируя внимание на несовместимости догмата о папской непогрешимости «с основными христианскими понятиями и нравственными началами». По мнению М.Е. Красножена, старокатолики, стремясь «отыскать истину», обратили свои взоры к православному Востоку. «Тем не менее, в некоторых отношениях они ещё недостаточно твёрды и ясны. Так, ища соединения с православными церквами, старокатолики вместе с тем сближаются с протестантами, а также с последователями англиканского исповедания», сохраняют «остатки римских заблуждений» и не решаются провести в церковную практику то, что признается ими в теории. Возможное соединение церквей М.Е. Красножен видел в качестве «первого шага к единению всего христианского мира» и подробно остановился на возможных догматических условиях такого соединения. В приложении к сочинению помещены «Материалы, относящиеся к вопросу о соединении старокатоликов с православными». Близкую тему М.Е. Красножен затронул в докторской диссертации «Иноверцы на Руси: Положение неправославных христиан в России» (1900 г.). Он сначала рассматривает отношение к таинствам, совершаемым иноверцами, раскольниками и еретиками, у святых отцов и в ранней церкви, а затем даёт исторический обзор положения иноверцев в России, начиная со времён Крещения Руси.