В 1905 г. М.Е. Красножен поддержал А.С. Будиловича в критике решений съезда 170 профессоров и преподавателей и «Записки» 342 учёных о нуждах просвещения: «Все истинно русские люди с нетерпением ожидают устроения ныне пришедшей в расстройство земли русской и устранения препятствующих её развитию недостатков». После 1905 г. М.Е. Красножен стал свидетелем ухода из православной церкви в балтийских губерниях части прихожан. В течение десятилетия, предшествовавшего первой русской революции, половина преподавателей покинули юридический факультет. М.Е. Красножен твёрдо придерживался мнения о том, что православная церковь должна сохранять положение «первенствующей и господствующей» в империи «впредь до конца существования русского государства», а отношение к иноверцам не должно меняться. Консерватизм и монархизм М.Е. Красножена, его неоднозначная позиция по отношению к указу «Об укреплении начал веротерпимости» от 17 апреля 1905 г. и высказывания за продолжение политики Александра III на национальных окраинах создали ему репутацию «непримиримого сторонника старого режима». 5 мая 1905 г. через министра народного просвещения Владимира Гавриловича Глазова императору Николаю II была преподнесена книга М.Е. Красножена «Иноверцы на Руси», за что автор был удостоен Высочайшей благодарности. Уже в 1900 г. в рецензии «Эстонцы и немцы в Прибалтийском крае» на книгу Адо Гренцштейна (А. Пийрикиви) М.Е. Красножен обратил внимание на то, что «эстонская паства не пускает к себе немецких пастырей». Причину этого он видел в истории Лифляндии, которая, по его мнению, «не знает ни одного случая, когда бы духовенство было за народ и против господской партии». М.Е. Красножен сочувственно цитирует А. Гренцштейна, полагавшего, что «немецкое иго для эстонцев было тяжелее, чем для России иго монгольское». М.Е. Красножен подчёркивал, что «как истинный друг эстонского народа г. Гренцштейн предостерегает своих соотечественников от увлечения сепаратизмом и весьма убедительно доказывает, что сила и счастье эстонцев лишь в тесном единении с их благодетельницей – Россией». В одной из последних публицистических работ М.Е. Красножен также отстаивал единство православного мира, «всех верных сынов нашего культурного мира, независимо от того, называются ли они греками, албанцами, валахами, болгарами, сербами, русскими». Вспоминая «славное историческое прошлое» Македонии, «из-за которой пролито столько славянской крови» начиная с апостольских времён, он призывает к тому, чтобы эта страна стала «заветным звеном, которым она некогда была в культурной системе греко-славянских народов». В 1906 г. М.Е. Красножен стал редактором-издателем журнала «Университетская летопись», в котором публиковались правительственные распоряжения, материалы по учебному делу, сведения о новых преподавателях, новости из других университетов, некрологи, рецензии, очерки из местной жизни. C марта по декабрь 1906 г. в числе «выдающихся учёных – богословов, канонистов и историков», по собственному определению М.Е. Красножена, он участвовал в работе Предсоборного присутствия РПЦ. В статье «Накануне церковной реформы» осветил основные вопросы, которые рассматривались на заседаниях Присутствия, и дал подробный обзор литературы, связанной с работой Присутствия.