Бытие понимается неоднозначно, поскольку неотомизм исходит из признания сверхъестественного и материального (вторичного по отношению к первому) миров. Дать определение бытия, согласно неотомизму, невозможно. Бытие для томистов – это «абсолютно первое понятие», о котором лишь можно сказать, что оно обладает существованием. С одной стороны, бытие в томистской интерпретации предстаёт как абстракция общих свойств материальных и нематериальных объектов, с другой – как Бог. Поэтому онтология неотомизма выступает и как учение о свойствах материальных вещей, и как учение о бытии Бога. «Бытие как таковое», как абстракция свойств объектов – трансцендентно, поскольку оно возвышается над всеми родо-видовыми определениями. Только «бытие как таковое», в основе которого находится духовная субстанция, является предметом томистской онтологии. Это идеалистически понятое бытие состоит из потенции (она же возможность, или «чистое бытие») и акта (действительности). Потенция означает возможность изменения, становления чем-то определённым, в то время как акт – реализация потенции. Поскольку неотомистское бытие – не действительное бытие материального мира, то и переход возможности в действительность не связан с переходом от одной формы движения материи к другой. Бытие как таковое, писал Жак Маритен, «не связано с материальными особенностями эмпирического существования, поскольку акт существования осуществляется... без материи». «Реальным», подлинным миром для томистов оказывается нематериальный мир, мир сущностей. Акт бытия в мире, согласно томизму, определяется божественной первопричиной через иерархию причин, или метафизических принципов: материальной причины, формальной, действующей и целевой. Первые две причины находятся в самих вещах, последние – вне их. Вещи, созданные Богом, рассматриваются томистами как субстанции, о которых можно судить по их сущности и существованию. Всё, кроме Бога, «состоит из сущности, т.е. из того, чем данное бытие является, и из существования, т.е. из того, что определяет существование этого бытия». Неотомисты не отрицают многообразия окружающего мира, но объясняют его с помощью идеи гилеморфизма, или спецификой соотношения материи и формы. Материя для них – метафизически понятая возможность, а форма – действительность. Придерживаясь креационистского истолкования возникновения нового и отрицая научное истолкование, в соответствии с которым источник движения присущ самой материи, неотомисты утверждают, что материя – неопределённая, бесформенная и пассивная, не способная к «самодвижению» и «самосуществованию» потенция. Чтобы стать определённой субстанцией, превратиться из возможности в действительность и вообще существовать, материи требуется причина, которая находится вне её. В результате действия указанных причин форма конституирует содержание – субстанцию. В неотомистском гилеморфическом истолковании всё «сотворённое» Богом образует так называемую иерархию бытия, которая выглядит следующим образом. Первые объекты, характеризующиеся материей и формой, – минералы.