– «А зачем Вы так с Нафигуллой? Понятно, что сказанное нашло отклик в сердцах…». – «Более того, у меня был потрясающий случай: года два назад в Перми на одной конференции меня окружила группа людей в исламских одеждах, оказалось, что это – верховные муфтии разных регионов России, и они мне сказали: “Мы с вами, а не с Нафигуллой Ашировым”. В 1998 г. А.В. Кураев написал на тему антисемитизма книгу под названием «Как делают антисемитом?» (в 2006 г. вышла вторая редакция). «Я убеждён, что антисемитизма в этой книге нет. Я не считаю еврейский народ в чём-то хуже народа русского или любого другого. Я просто не считаю евреев лучше всех остальных народов. Впрочем, сегодня, кажется, даже это уже считается антисемитизмом. Но разве есть национализм в просьбе подходить ко всем народам и ко всем людям с одними и теми же нравственными критериями? В этих статьях именно это я и делаю. Я всё время просто и скучно спрашиваю: "Господа! Я понимаю, что чужая боль плохо чувствуется. Но представьте, что точно такую же фразочку кто-то бросит в адрес вашего народа. Вам разве не будет больно? Так, может, и вы не будете бросаться булыжниками в нас?"». Весной 1999 г. в «Православной газете» Екатеринбурга вышла статья А.В. Кураева «Можно ли не праздновать 8 марта?». Автор ассоциировал 23 февраля и 8 марта с еврейским праздником Пурим. После чего осудил приурочивание Дня защитника Отечества и Международного женского дня к данному иудейскому празднику, высказав следующее мнение: «Моё недоумение о другом: как можно спустя тысячелетия праздновать события того дня… Есть ли другой народ на земле, который с веселием празднует день заведомо безнаказанных массовых убийств? Я понимаю праздник в честь военной победы. Это было открытое и рискованное столкновение, и день победы – это мужской и честный праздник. Но как праздновать день погрома? Как праздновать день убийства тысяч детей?». По утверждению президента Еврейской национально-культурной автономии Свердловской области Михаила Иосифовича Оштраха, А.В. Кураев исказил сведения об истории праздника Пурим, и поэтому его статья вызывает враждебное отношение к еврейскому народу. По этому и ряду других фактов Свердловское отделение КНОР в 2001 г. обратилось в прокуратуру Свердловской области и направило Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II (Ридигеру), а также архиепископу Екатеринбургскому и Верхотурскому Викентию (Морарю) письма о распространении со стороны Екатеринбургской епархии книг, журналов и газет, в которых были антисемитские материалы. В 2005 г. А.В. Кураев прочитал лекцию на тему части жертв Освенцима, евреев-христиан. С другой стороны, в программе «К барьеру» на НТВ А.В. Кураев выступил в роли секунданта на стороне космонавта Алексея Архиповича Леонова против генерала Альберта Михайловича Макашова, и высказывания протодиакона носили толерантный и примирительный характер.