С 27 июля 2009 г. – член Синодальной богословской комиссии и Межсоборного присутствия Русской православной церкви. По задумке режиссёра Валерия Владимировича Отставных, религиоведа, сотрудника миссионерского отдела Тульской епархии, на областной православной видеостудии «Свет» был снят документальный фильм под названием «48 часов из жизни диакона Андрея Кураева», повествующий о миссионерской поездке в Тулу. В основу фильма были положены впечатления съёмочной группы, а также рассказ героя фильма о себе. По словам В.В. Отставных, мысль создать подобную киноленту возникла от желания показать образ современного миссионера, живущего в XXI в. Режиссёр фильма отметил, что «для кого-то эта исповедь окажется неожиданной и позволит увидеть отца Андрея по-новому». Съёмки проходили 13–14 ноября 2007 г. Из-за технического монтажа работа над фильмом закончилась лишь через полтора года. Кинопоказ прошёл 11 ноября 2009 г. в Доме кино в рамках кинофестиваля «Радонеж». Решением учёного совета Московской духовной академии от 30 декабря 2013 г. А.В. Кураев был отчислен из преподавательского состава и исключён из числа профессоров Академии за эпатажную, в ряде случаев скандальную и провокационную деятельность в СМИ и блогосфере. А.В. Кураев был возмущён увольнением и связал его со своими записями в «Живом Журнале» о гомосексуальном скандале в Казанской духовной академии и с несогласием с уголовным преследованием и тюремным заключением участниц группы Pussy Riot. Не вошёл в новый состав Межсоборного присутствия, утверждённый 23 октября 2014 г. решением Священного синода. В ноябре 2016 г. внесён в список лиц, которым запрещён въезд на территорию Латвии. В мае 2017 г. на А.В. Кураева была наложена епитимья в виде сорокоуста, который он совершал в Новоспасском монастыре. 29 апреля 2020 г. А.В. Кураев был запрещён в служении патриархом Кириллом за оскорбление памяти покойного настоятеля Елоховского собора протоиерея Александра Алексеевича Агейкина. 29 декабря 2020 г. епархиальный церковный суд города Москвы в составе председателя протоиерея Михаила Ивановича Рязанцева, заместителя председателя протоиерея Владислава Александровича Цыпина, секретаря протоиерея Александра Дмитриевича Миронова и членов протоиерея Александра Алексеевича Дасаева и протоиерея Владимира Георгиевича Чувикина, рассмотрел дело в заочном порядке, отметив «оскорбительную характеристику почившего в этот день от последствий коронавирусной инфекции протоиерея Александра Агейкина» и «установил в заявлениях протодиакона Андрея Кураева признаки хулы на Церковь», а также наличие признаков «клеветнической деятельности протодиакона Андрея Кураева, в частности, обвинениях Русской Православной Церкви в „организации раскола“» и то, что он «не изменил характера своей деятельности после увещеваний со стороны епархиального духовника протоиерея Георгия Бреева и членов дисциплинарной комиссии ещё в 2015 году», принял решение признать «его подлежащим извержению из священного сана», при этом особо отметив, что «решение об извержении протодиакона Андрея Кураева из сана вступит в силу в случае утверждения его правящим архиереем г. Москвы – Патриархом Московским и всея Руси, а до этого в установленный срок может быть обжаловано» в Общецерковном суде второй инстанции.