Статья вызвала критику со стороны некоторых людей, считающих себя православными; А.В. Кураев был обвинён историком и публицистом Николаем Юрьевичем Селищевым в том, что он «оклеветал греческих православных новомучеников», а также во лжи и невежестве: «Как ни странно, в Турецкой империи у патриарха было больше власти, чем в Византийской империи или чем в Московской Руси, потому что в Турецкой империи патриарху усвоялась вся власть над Церковью в духовных вопросах. Но кроме этого, Турецкая империя передоверяла патриарху власть над гражданской жизнью подданных-христиан. То есть патриарх – это этнарх… Все споры христиан между собой решает патриарх и духовенство на местах: это так называемая фанариотская система. А как же сегодня Греческая Церковь и греческий народ относятся к имени патриарха Григория V? Прокляли предателя? Нет, уже в конце XIX в. ему начали ставить памятники…». После многократных обращений Н.Ю. Селищева к священникам канцелярий митрополии и Елевферию (Кацаитису) с осуждением позиции А.В. Кураева выступил один из старейших иерархов Элладской церкви митрополит Коринфский Пантелеимон (Караниколас), который тогда был председателем Синодального комитета по догматическим и каноническим вопросам. Юлия Леонидовна Таратута, корреспондент издания «Коммерсантъ», отмечала в конце января 2009 г., что во время выборов Московского патриарха диакон А.В. Кураев, публично выступая на стороне митрополита Кирилла (Гундяева), использовал обвинения в адрес его конкурентов на патриарший престол: в декабре 2008 г. обвинил брата митрополита Калужского Климента (Капалина) архиепископа Димитрия (Капалина), что тот якобы организовал «лжевыборы» делегатов на поместный Собор от духовных школ, которые состоялись в Московской духовной академии, а также произвёл «рейдерский захват Московской духовной академии». В связи с такими обвинениями епископ Барнаульский и Алтайский Максим (Дмитриев), бывший инспектор Тобольской семинарии, сказал, что считает выборы делегатов на поместный Собор от духовных школ честными и справедливыми. В сентябре 2004 г. А.В. Кураев опубликовал статью в газете «Известия», в которой хотя и признаёт, что «стратегическое планирование терактов, совершаемых от имени ислама, совершается в западном мире», но также прямо указывает на ответственность ислама в росте терроризма: «…Телеинъекции на тему “У терроризма нет национальности и религии”, каждый раз с предсказуемой очевидностью вспыхивающие после очередного теракта, просто глупы. Не инопланетяне же, в конце концов, взрывают наши самолёты и школы! С этим “политкорректным” тезисом можно было бы согласиться, если бы верующие мировых религий по очереди устраивали теракты. То буддисты захватят школу и расстреляют в ней детей… То даосы взорвут самолёт… То христиане подорвут кинотеатр… Вот в этом случае можно было бы ограничиться повторением банальности о том, что у каждого народа есть право иметь своих подлецов… Но ведь всё очевидно не так. Может быть, терроризм – это следствие искажённого понимания Корана. Но ведь именно Корана, а не книги о Винни-Пухе. И у истоков этого искажения стоят ученейшие исламские мужи (улемы), а не безграмотные арабские скинхеды. Исламский мир роднят с миром террора не плохие ученики, а отменные и популярные учителя! И если власти Саудовской Аравии только в мае 2003 года были вынуждены отстранить от должностей 1710 человек из духовенства – значит, проблема не в одиночках. При таких масштабах террористическая проповедь – это болезнь уже всего исламского сообщества. И ещё одна причина ответственности всего мусульманского мира за своих подонков в том, что изряднейшая часть мусульманского мира считает террористов не подонками, а героями. Мир ислама ответствен за исламский терроризм – хотя бы тем, что отказывается увидеть эту свою ответственность».