Эти доводы А.В. Кураев также повторил в ходе скандальной дискуссии, которую он вызвал своим комментарием в «Живом Журнале» в апреле 2013 г. по поводу Бостонского теракта: «Мерзавцы, взорвавшие бомбы на финише „Бостонского марафона“, оказались (вот сюрприз-то!) мусульманами и дагестанцами. Братья Царнаевы (Джохар и Тамерлан). Борцы (как и Мирзаев). Интересно, сколько ещё нужно взрывчатки, чтобы снести шоры принудительной толерантности?». В ответ на критику исламских духовных лидеров и мусульман А.В. Кураев снова повторил свои аргументы: «У террористов нет религии? Но они несомненно и крепко верят в продолжение жизни после взрыва собственного тела. Они прославляют вполне определённого Бога (и это отнюдь не имя великого Вицли-Пуцли). А названия их организаций говорят о готовности воевать за ислам, а не за футбол. Их можно считать плохими мусульманами. Но это именно мусульмане. Насколько я помню, чтобы стать мусульманином, достаточно произнести формулу “Нет Бога кроме Аллаха и Магомет пророк Его”. Неужели эту формулу отрицали террористы в Беслане или Бостоне? Неужели Коран они не считали откровением Всевышнего?». По сообщению некоторых СМИ, выступая с лекциями в Крыму в сентябре 2006 г., А.В. Кураев призвал к противодействию радикальной политике меджлиса (этнического парламента крымских татар), проведя параллели с поведением наглого подростка в мужском коллективе. 15 августа 2007 г. на имя Президента Российской Федерации Владимира Владимировича Путина было направлено Заявление мусульманской общественности России «Клерикализм – угроза национальной безопасности России» (по поводу споров о «Письме десяти академиков РАН». Среди подписантов этого письма выступил Нафигулла Худчатович Аширов, сопредседатель Совета муфтиев России, глава Духовного управления мусульман азиатской части России (Москва). Комментируя это заявление, А.В. Кураев высказался критически по отношению к Н.Х. Аширову, призвав отправить его в бессрочную командировку. Позднее А.В. Кураев в интервью корреспонденту газеты «День за днём», отвечая на вопросы об этом происшествии, сказал следующее: «Вам не кажется, что люди церкви подают очень мало сигналов, которые ассоциировались бы с Нагорной проповедью, с одной из главных заповедей христианства – «возлюби ближнего твоего, как самого себя»? Когда вы говорите о любви, это один сигнал, когда посылаете на фиг Нафигуллу Аширова – другой, в чём-то противоположный первому. Я думаю, это проблема информационного шума. Евангельские сигналы идут на одной частоте, и они одни и те же, поэтому люди зачастую теряют восприимчивость к ним. Евангелие – очень небольшая книжка, Нагорная проповедь – ещё меньше. Заметьте, вчера на лекции не было ни одного вопроса по Евангелию, люди спрашивают о каких-то периферийных вещах… Надо сказать ещё, что есть вещь, которую Бог оставил на нашу ответственность: как святые банальности Евангелия проецировать на пёструю ткань современной жизни. Конечно, я стараюсь соотносить то, что я говорю и делаю, с Евангелием. Но Евангелие более сложно, чем толстовство. У Христа в руках мы видим меч, и апостолы носили мечи, и фарисеев Христос послал дальше, чем я – Нафигуллу.