Исследователи полагают, что в угоду обновленцам с 1936 г. власти не регистрировали в Курске епископов патриаршей церкви. 24 августа 1938 г. зарегистрирован в качестве «уполномоченного по управлению обновленческими церквами Курской митрополии» живший в Белгороде «священник» Владимир Хохановский, переехавший после этого в Курск (Государственный архив Курской области). К июню 1941 г. обновленческих храмов в Курской области не было, действовали три прихода патриаршей церкви: в селе Коншино Боброво-Дворского района, в селе Поныри-2 Поныровского района и в слободе Троицкая Старооскольского района. При этом в области насчитывалось около 30 сельских храмов, в том числе бывших обновленческих, которые не действовали, но официально не были закрыты. В области проживало немало бывшего обновленческого духовенства, отдельные представители которого после Великой Отечественной войны пытались легализоваться. Так, о своей приверженности обновленчеству заявили в 1945–1946 гг. два незарегистрированных священника: Тихон Колпинский (село Касиновка Щигровского района) и Иоанн Тебекин (деревня Удерево Черемисиновского района). В 1946 г. уполномоченный по делам РПЦ потребовал от областных властей удалить их из сёл, где они жили, указывая на нежелательность возобновления обновленческих приходов (Государственный архив Курской области). В начале 2000 гг. в Курске появилась сектантская «Православная реформаторская церковь Христа Спасителя» с центром в Орле, которая заявила о приверженности идеям обновленчества 1920 гг. Данная структура близка к неопятидесятничеству (см. в ст. Пятидесятники). Движение истинно православных христиан (ИПХ) в Курской области известно исследователям с 1920 гг. В некоторых районах (Большетроицком и др., позднее вошедших в Белгородскую область) во главе нелегальных общин стояли женщины, это течение получило название серафимовцев или самокрестов. Движение активизировалось в 1942 г., когда было разрешено открывать храмы. Независимую общину пытался зарегистрировать настоятель Преображенского храма в селе Замостье Суджанского района священник Григорий Травкин, заявивший о неподчинении Курскому епископу, бывшему обновленцу. 16 апреля 1944 г. уполномоченный по делам РПЦ по Курской области запретил проводить службы в церкви в селе Замостье, писал о появлении «секты травкинцев», охватившей несколько приходов района (Государственный архив Курской области). В 1945 г. Григорий Травкин был изгнан из храма не согласными с ним прихожанами, в 1947 г. арестован. В середине 1940 гг. в Курской области распространилось движение стефановцев, или подгорновцев. В 1945 г. сотрудники НКГБ разогнали общину в селе Касилово Грайворонского района. За поддержку стефановцев в 1946 г. был снят с регистрации священник Александр Чефранов, настоятель кладбищенского Покровского храма в Льгове, храм тогда же был закрыт. В селе Васильевка Тербунского района в 1945 г. ИПХ объявили об обретении чудотворной иконы Божьей Матери «Оборонная», происходящей из закрытого местного храма. В 1945 г. милиция изъяла икону, устраивавшая службы перед иконой в Тербунах монахиня Ксения (Шилина) была арестована. Катакомбные общины во главе с монахинями были не редкостью в Курской области. В селе Архарово Малоархангельского района общину истинно православных христиан возглавляла бывшая монахиня Кожевникова.