Насильственными действиями, в результате которых с Афона были выдворены монахи-«имяславцы», Ф.Д. Самарин возмущался и считал, что они сослужили плохую службу и государственной, и церковной властям, ожесточили всех недовольных и понизили авторитет властей. После публикации послания Синода Кружок ищущих христианского просвещения оказался на грани роспуска. В то же время Михаил Новосёлов, священник П.А. Флоренский, священник С.Н. Булгаков продолжили разработку проблем имяславия. Следующий кризис Кружок ищущих христианского просвещения пережил после опубликования священником П.А. Флоренским в 1916 г. работы «Около Хомякова: Критические заметки». Здесь в понимании соборности у Алексея Степановича Хомякова священник П.А. Флоренский увидел «дух имманентизма, который составляет существо протестантства, хотя и в неизмеримо-усовершенствованном виде». П.А. Флоренский полагал, что Бог-Любовь делает соборность онтологичной. Церковь открывает онтологическую, «в Боге сущую Истину», а у А.С. Хомякова «постановления всей Церкви истинны потому, что они постановления всей Церкви. Важно как будто слово «всей», как если бы постановления Церкви были не открытием Истины, а сочинением её, – как если бы Истина была имманентна человеческому разуму, хотя бы и соборне взятому, а не трансцендентна ему и из своей трансцендентности открывающейся ему». Состоялось обсуждение этой работы, на которое П.А. Флоренский не был приглашён и о котором узнал косвенным путём. В организации этого «тайного суда» П.А. Флоренский обвинял Михаила Новосёлова. После этого П.А. Флоренский стал считать себя не зависимым от Кружка ищущих христианского просвещения, хотя дружеского общения со всеми членами Кружка (в том числе и с Михаилом Новосёловым) не прекратил. 25 января 1917 г. Михаил Новосёлов писал П.А. Флоренскому: «Дорогой отец Павел! Спасибо Вам за дружеское письмо и отеческое наставление...». В ряде статей 1915–1916 гг. Н.А. Бердяев подверг критике направление Кружка ищущих христианского просвещения. Он ждал Третьего Завета, «эпохи творчества», который идёт на смену Ветхому Завету, «эпохе закона», и Новому Завету, «эпохе откровения искупления». С позиций этого ожидания он и критиковал Кружок ищущих христианского просвещения. Реставрацию в Кружке славянофильства Н.А. Бердяев называл «духовной реакцией». По его мысли, вместо творческого устремления к Третьему Завету Кружок «ищет корней и вековых основ религиозного сознания, боится человеческого произвола». Члены Кружка «не обладают смелостью почина, они лишены творческой силы». И выходит у них в результате «новое православие», а не старое. А это «новое православие» есть «нетворческий модернизм» и «стилизация». Священника П.А. Флоренского Н.А. Бердяев считал «учителем Церкви славянофилов, главой и вдохновителем московского кружка возродителей православия». Поэтому главные удары Н.А. Бердяева были направлены именно против священника П.А. Флоренского, который «хочет утвердиться в данности» и «сложить с себя бремя ответственности за творческое движение в Церкви». Отношение священника П.А. Флоренского к церкви, по мнению Н.А. Бердяева, отношение раба. «Онтологизм» П.А. Флоренского есть «укрепление всякой статической данности и отрицание всяких творческих заданий». Аналогичные обвинения Н.А. Бердяев высказал и в отношении священника С.Н. Булгакова, которому якобы «неведома новозаветная духовная свобода» и который «боится творчества как сатанизма».