На квартире Михаила Новосёлова действовал студенческий «филиал» Кружка ищущих христианского просвещения. Зимой 1908/1909 гг. в «филиале» студенты под руководством Ф.Д. Самарина занимались изучением Нового Завета. В годы Первой мировой войны здесь же возник Иоанно-Богословский кружок, члены которого водили воинов, находившихся на излечении в госпиталях, по московским святыням. Ф.Д. Самарину претила мысль, что он и его единомышленники должны стать миссионерами или учителями, которые будут «давать уроки». Прежде всего, он считал необходимым духовное общение, собеседование: «…Надо не учить откуда-то сверху, а совместно поучаться, в простой непринуждённой дружеской беседе; духовная самобытность каждого участвующего здесь сохраняется; его большие или меньшие знания в той или иной области могут, когда потребуется, проявляться; но мертвящего, надмевающего с одной стороны, принижающего – с другой разделения на учителей и поучаемых не будет». Зимой 1911/1912 гг. Михаил Новосёлов, Ф.Д. Самарин и В.А. Кожевников были избраны Советом Московской духовной академии и утверждены Синодом в звании почётных членов Московской духовной академии. Представление к званию написали священник П.А. Флоренский (о М.А. Новосёлове и В.А. Кожевникове) и священник Ф.К. Андреев (о Ф.Д. Самарине). Эти избрания были свидетельством заслуг Кружка ищущих христианского просвещения перед церковью. В некоторых вопросах члены Кружка противостояли синодальной власти; возмущались молчанием Синода по поводу деяний Григория Ефимовича Распутина. 24 января 1912 г. в газете «Московские ведомости» появилась петиция «Св. Синод и епископ Гермоген. Голос мирян», подписанная ведущими членами Кружка ищущих христианского просвещения. В петиции выражалось недоумение по поводу неясности обвинения, выдвинутого против Гермогена (Долганёва). Епископ Гермоген (Долганёв), повлиявший на продвижение Г.Е. Распутина в высшие круги петербургского общества, к 1912 г. открыто выступал против него. Епископ Гемоген (Долганёв) был низведён с кафедры и удалён на покой в монастырь формально из-за неподчинения распоряжениям Синода и «голословное опорочение перед Государем Императором» его постановлений и суждений. Авторы петиции указывали на необычайную быстроту разбирательства этого дела и намекали на связь с делом Г.Е. Распутина. Синод ответил «москвичам» статьёй, в которой объяснялись вина епископа Гермогена (Долганёва) и правомерность наказания без упоминания имени Распутина. Также был высказан упрёк в адрес «москвичей», устроивших «суд над церковной властью» через газету, что «вносит соблазн в умы», вредит церкви. «Москвичам» напоминалось правило 64 Трулльского собора, запрещающее мирянину «перед народом» рассуждать о вере или «учить как учителю». В ответ «москвичи» утверждали, что соборное установление, на которое ссылался Синод, запрещает мирянам учить в церкви догматам веры, но не запрещает высказывать своё суждение о действиях представителей церковной власти. Этой газетной шумихой была недовольна царская семья. Столкновение Кружка ищущих христианского просвещения и Синода состоялось также по поводу «Афонского дела». В Кружке «имяславцев» защищали Михаил Новосёлов, священник П.А. Флоренский, В.А. Кожевников, священник С.Н. Булгаков, священник Ф.К. Андреев, В.Ф. Эрн. Более осторожную позицию занимал Ф.Д. Самарин, однако действий церковной власти ни до, ни после опубликования послания Синода от 18 мая 1913 г., осудившего имяславие, не одобрял. До опубликования послания, как полагал Ф.Д. Самарин, требовалось вдумчивое разбирательство, в ходе которого нужно было выслушать обвиняемых и посоветоваться с епископами. После же опубликования требовались проповедь и увещание, в крайнем случае, созыв Собора.