Особое место в научной биографии Н.Ф. Красносельцева заняло исследование и издание некоторых греческих источников апокрифического памятника «Беседа трёх святителей», которому он посвятил несколько публикаций. В последней большой работе, которая вышла уже посмертно, Н.Ф. Красносельцев опубликовал несколько греческих и славянских текстов, продолжая дело, начатое А.А. Васильевым. Н.Ф. Красносельцев написал несколько эссе об архиепископе Никаноре (Бровковиче), архиепископе Савве (Тихомирове), И.Я. Порфирьеве и И.С. Ястребове. Основную информацию относительно судьбы библиотеки и личных бумаг Н.Ф. Красносельцева исследователи получают из писем А.И. Алмазова к И.С. Бердникову в 1898–1899 гг. (Национальный архив Республики Татарстан). Собираясь на год в заграничную командировку, Н.Ф. Красносельцев в съёмной квартире оставил за собой комнату, где хранились его вещи и десять ящиков с книгами из личной библиотеки, а у А.И. Алмазова оставил сундук с личными вещами и бумагами. В письме от 27 октября 1898 г. А.И. Алмазов сообщил, что бумаги и письма Н.Ф. Красносельцева находятся под его личным присмотром, и вся переписка учёного извлечена. В библиотеке книг оказалось около 1 тыс., однако только 200 из них представляли, по мнению А.И. Алмазова, ценность. По настоянию вдовы Н.Ф. Красносельцева Надежды Михайловны библиотеку решено было продать, что и было осуществлено летом 1899 г.: А.И. Алмазов переправил библиотеку вдове в Казань, где она была продана книгопродавцу П.А. Дубровиной. А.И. Алмазов также занимался разбором личных бумаг Н.Ф. Красносельцева и его переписки, о чём он свидетельствовал, указав на некоторые неопубликованные работы Н.Ф. Красносельцева, но из обширной корреспонденции учёного и личных бумаг до нас дошёл только комплект писем И.С. Бердникова, адресованных Н.Ф. Красносельцеву (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Неопубликованных работ Н.Ф. Красносельцева и его писем, разбросанных по разным рукописным собраниям России, сохранилось не так много. В первую очередь, исследователи называют комплект из 22 студенческих работ Н.Ф. Красносельцева, созданных во время обучения в Казанской духовной академии в 1866–1870 гг.: это сочинения по истории церкви и истории России, философии и сравнительному богословию, библеистике и гомилетике (Национальный архив Республики Татарстан). Из писем самого Н.Ф. Красносельцева сохранились: 84 письма к И.С. Бердникову (Национальный архив Республики Татарстан; комплект сохранился не полностью), 51 письмо к А.А. Дмитриевскому (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки), 36 писем к И.В. Помяловскому (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки), четыре письма к Алексею Ивановичу Соболевскому (Санкт-Петербургский филиал архива РАН), письмо к Хрисанфу Мефодиевичу Лопарёву (Санкт-Петербургский филиал архива РАН), письмо к Ф.И. Успенскому (Санкт-Петербургский филиал архива РАН), письмо Владимиру Константиновичу Трутовскому (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Письма дают исследователям богатый фактологический материал о жизни Н.Ф. Красносельцева в Одессе, его научных занятиях и путешествиях.