Активное участие Н.Ф. Красносельцев принимал в деятельности Историко-филологического общества при Новороссийском университете, членом которого он был с 1889 г. и до своей смерти. На заседаниях общества в 1889/1890 гг. сделал доклад «О пергаменном свитке Патриаршей библиотеки в Иерусалиме (содержащем литургию Златоустого с миниатюрами)»; в январе 1893 г. выступил с сообщением о времени установления праздника Православия (Национальный архив Республики Татарстан); 12 октября 1893 г. прочитал доклад о вновь изданных апокрифах (по поводу издания Александра Александровича Васильева «Anecdota graeco-byzantina»); в феврале 1894 г. зачитал некролог памяти Ивана Степановича Ястребова (Национальный архив Республики Татарстан); в сентябре 1894 г. сделал сообщение о новой редакции «Типикона Великой церкви» (Национальный архив Республики Татарстан); 10 октября 1895 г. выступил с докладом «К вопросу о византийско-русской литургической драме» и 15 ноября 1895 г. представил свои соображения «О научных интересах Ивана Степановича Некрасова». После смерти Н.Ф. Красносельцева члены общества устроили 22 октября 1898 г. заседание в его честь, на котором были заслушаны доклады А.И. Алмазова, Георгия Ивановича Перетятковича, Василия Михайловича Истрина, Петра Алексеевича Лаврова и А.А. Дмитриевского. В последнее десятилетие жизни Н.Ф. Красносельцева его научные заслуги получили широкое признание, он неоднократно выезжал с учёными целями на христианский Восток и в Палестину (1890, 1891, 1893, 1894, 1896 гг.), в 1895 г. ездил в Казанскую духовную академию на юбилей ректора протоиерея Александра Поликарповича Владимирского. В конце декабря 1897 г. Н.Ф. Красносельцев запланировал и получил разрешение университета на командировку в Европу и на христианский Восток. Перед командировкой по совету докторов прошёл курс лечения на минеральных водах в Кисловодске и утром 6 сентября 1898 г. на пароходе «Николай II» отправился в Стамбул. На пароходе Н.Ф. Красносельцев почувствовал недомогание и сразу после прибытия, 7 сентября, вместе с монахами отправился на подворье Свято-Пантелеимонова монастыря. На следующий день Ф.И. Успенский вызвал доктора, который обнаружил у Н.Ф. Красносельцева воспаление левого лёгкого. В последующие дни состояние Н.Ф. Красносельцева ухудшалось, и через три дня он скончался (Национальный архив Республики Татарстан). В воскресенье 13 сентября состоялось отпевание, которое совершил настоятель русской посольской церкви во имя Николая Чудотворца архимандрит Борис (Плотников). Погребён Н.Ф. Красносельцев на греческом православном кладбище в районе Стамбула Шишли. Первоначально на могиле Н.Ф. Красносельцева поставили чёрный железный крест, но 30 августа 1901 г. стараниями его учеников и почитателей был установлен мраморный памятник на гранитном основании. Н.Ф. Красносельцев – основатель школы русской литургики, продолжателями которой были его ученики.