Наиболее выдающимися учениками Н.Ф. Красносельцева были Александр Иванович Алмазов и Алексей Афанасьевич Дмитриевский, который благодаря содействию Н.Ф. Красносельцева занял кафедру церковной археологии и литургики в Киевской духовной академии и для разработки собственных курсов опирался на учебные программы Н.Ф. Красносельцева. До конца своих дней Н.Ф. Красносельцев состоял в переписке с А.А. Дмитриевским, хотя отношения между ними не всегда были простыми: на наиболее крупные работы своего ученика Н.Ф. Красносельцев написал критические рецензии. В годы преподавания в Казанской духовной академии Н.Ф. Красносельцев активно занимался научно-исследовательской работой. Исследователи особо отмечают его участие (наряду с Иваном Яковлевичем Порфирьевым и Александром Васильевичем Вадковским) в описании рукописей Соловецкой библиотеки, переданной в академию в 1855 г. До своего перехода на службу в Новороссийский университет Н.Ф. Красносельцев составил около 30 печатных листов описания рукописей литургического характера (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Н.Ф. Красносельцев трижды представлял Казанскую духовную академию на археологических съездах: в Киеве (1874 г.), Казани (1877 г.) и Ярославле (1887 г.). С 1883 по 1886 гг. был редактором и цензором журнала Казанской духовной академии «Православный собеседник». В 1881 г. Н.Ф. Красносельцев обратился в Совет Казанской духовной академии с просьбой о годичной командировке в Италию, во Францию и в Германию, чтобы лично ознакомиться с памятниками христианской архитектуры и искусства и поработать с древними рукописями в европейских библиотеках и книжных собраниях восточных монастырей. Эта первая заграничная поездка оказала большое влияние на Н.Ф. Красносельцева как учёного: в Ватиканской библиотеке он ознакомился с несколькими десятками богослужебных рукописей, материал которых положил в основу ряда историко-литургических исследований. В вакационное время Н.Ф. Красносельцев обычно ездил в Москву или Санкт-Петербург для работы в библиотеках этих городов. Важной для него поездкой также было путешествие в 1888 г. на Восток и в Палестину. Н.Ф. Красносельцев побывал в Стамбуле, Смирне, Александрии, Каире, Иерусалиме, Афинах, Фессалонике и на Афоне, познакомился с интересными людьми. В Святом граде пробыл месяц и успел поработать со славянскими рукописями в Иерусалимской патриаршей библиотеке (Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Начиная с этого года и вплоть до своей смерти Н.Ф. Красносельцев практически каждый год во время летних каникул выезжал за рубеж для работы в библиотеках христианского Востока. Так, в Пантелеимоновом монастыре на Афоне он познакомился с библиотекарем Матфеем (Ольшанским), с которым впоследствии состоял в переписке и обменивался книгами. Академическое начальство Казанской духовной академии неоднократно поощряло труды Н.Ф. Красносельцева за время его службы в академии: он получил чин надворного советника (1871 г.), коллежского советника (1875 г.), статского советника (1879 г.), орден св. Станислава третьей степени (1878 г.), св. Анны третьей степени (1882 г.), св. Станислава второй степени (1886 г.; Национальный архив Республики Татарстан).